克罗恩病炎症与非炎症配对末端回肠活检组织的RNA-Seq与蛋白质组学数据

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A63d13333c5938a22fc64eb3cd544f6cab666aa41a5b06d38d538966c0e051202

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数据说明

慢性炎症表现（如炎症性肠病（IBD））的病因仍未完全明确。然而，证据表明环境因素、遗传因素、肠道微生物群以及肠上皮表面的免疫反应共同作用，最终导致IBD中屏障功能的破坏。越来越多的理论认为，肠上皮表面功能障碍参与IBD的发病机制及向复杂疾病的进展，这显著加重了IBD的疾病负担。迄今为止，尚未采用系统生物学方法比较健康人群与IBD患者的黏膜，以探讨肠上皮表面在IBD表现和进展中的意义。

在上皮屏障失调的背景下，探讨细胞效应蛋白及RNA信息在克罗恩病（CD）所影响通路中作用的文献十分匮乏……样本采集：在Concord Repatriation General Hospital接受结肠镜检查的克罗恩病患者，从其发炎的末端回肠部位及最接近的肉眼正常黏膜区域采集钳取活检样本。分别从发炎（I）和非发炎（NI）肠段各采集两处钳取活检。活检样本立即置于150μl RNAlater（ThermoFisher Scientific，墨尔本，澳大利亚）中，并于-80°C保存直至使用。执行结肠镜检查的胃肠病学家根据SES-CD将肠段分级为I或NI。此外，还从因无关疾病接受结肠镜检查的健康对照患者中采集了样本。总RNA提取：将7–20mg冷冻肠组织加入经预冷和洗涤的2ml Eppendorf管中。

加入来自Qiagen RNAeasy Mini Kit（澳大利亚维多利亚州墨尔本）的裂解缓冲液，以及6mg预先用IPGphor去垢剂清洗过的1.0mm氧化锆珠，并

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。