脑膜炎奈瑟菌转录组图谱与Hfq RIP-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE85252

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数据说明

脑膜炎奈瑟菌是一种人类共生菌，偶尔会引起危及生命的感染，如细菌性脑膜炎和败血症。尽管实验证据表明基因调控以及小非编码RNA（sRNA）的表达会影响脑膜炎球菌的毒力，但其转录组的组织方式，特别是sRNA的生物发生及其作用模式，目前了解甚少。在此，我们结合多种高通量技术对这些问题进行了研究。我们应用差异RNA测序（dRNA-seq）绘制了脑膜炎奈瑟菌8103菌株初级转录组的单核苷酸分辨率图谱。我们的dRNA-seq分析预测了1，625个转录起始位点（TSS），其中包括65个非编码RNA转录本，其中20个通过Northern分析得到了进一步验证。这使我们发现了一种新型的CRISPR相关sRNA，其生物发生不依赖于Cas9。对σ70依赖性和非依赖性启动子的全基因组定位揭示，脑膜炎球菌中大多数蛋白质编码基因缺乏经典的大肠杆菌样σ70启动子。

706个初级TSS（pTSS）中的大多数与编码序列相关，包括为单基因获得的382个pTSS和为位于操纵子中的基因获得的240个pTSS。通过Hfq RNA免疫沉淀测序（RIP-seq），我们鉴定了一个以Hfq为中心的大型转录后调控网络，包含24个sRNA和407个潜在mRNA靶标，利福平稳定性实验表明Hfq结合赋予sRNA增强的稳定性。我们最终在体内证实了两种sRNA与其同源靶mRNA的相互作用。两者均直接抑制编码甲基异柠檬酸裂解酶的prpB，该酶此前已被证明参与脑膜炎球菌在人鼻咽部的定植。因此，两种高通量方法的结合创建了一个汇编，不仅提供了宝贵的数据资源，还使得能够更好地理解脑膜炎

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。