脊椎动物眼视裂闭合调控图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318644

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数据说明

视裂闭合（optic fissure closure, OFC）是眼发育过程中一个关键的组织融合事件。OFC失败会导致眼缺损（coloboma），即眼中持续存在的裂隙，可显著影响视力。大多数眼缺损病例没有遗传学诊断，这反映出人们对OFC所需基因及其调控方式以及这些基因对细胞行为的影响了解不足。鸡是研究发育基因表达和调控网络的良好模型，且鸡胚胎眼的发育与人类相似。结果：本研究对鸡胚胎眼OFC过程中可及染色质和基因表达进行了整合分析。这揭示了活跃融合期间以及更广泛的腹侧视网膜中可及染色质结构域，这些结构域与背侧视网膜不同，表明它们在视裂融合过程中活跃，并且对于发育中脊椎动物眼这一特定区域的基因调控具有重要意义。开放染色质元件可通过邻近性和TAD边界与相邻基因相关联，这些基因在视裂闭合期间具有不同的时空表达谱。

结合从头基序富集与转录因子（TF）足迹占据的计算机模拟分析，我们发现了OFC期间TEAD/ZIC/SOX活性的证据，以及发育中的背侧眼中视黄酸相关TF活性的证据。我们能够将一部分鸡OFC特异性峰映射到人类基因组中的顺式调控元件，并鉴定出邻近已知人类缺损基因的位点，或位于我们鸡分析中鉴定的缺损候选基因内的位点。结论：本研究利用鸡胚胎的眼发育，首次提供了OFC期间基因表达动态顺式调控活性的证据，并鉴定了用于未来突变和活性分析的候选位点，为鉴定非编码位点作为缺损候选提供了首批遗传线索。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。