慢性病毒性肝炎患者肝组织与血液的差异基因表达

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT00160940

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：丙型肝炎、乙型肝炎、自身免疫性肝炎、肝硬化、胆汁性、胆管炎、硬化性。本研究的目的是识别在慢性病毒性肝炎和自身免疫性肝病中特异性上调或下调的基因，然后检查这些表达模式与临床结果之间的关系（如果有的话）。数千个基因的表达模式应能提供极其强大的统计工具，以区分不同的病理生理状态。众所周知，乙型肝炎或丙型肝炎均不直接具有细胞毒性，其作用似乎是通过免疫反应介导的。同样，在患有自身免疫性肝病（如原发性胆汁性肝硬化（PBC）、原发性硬化性胆管炎（PSC）和自身免疫性肝炎（AIH））的个体中，尽管引发抗原尚不清楚，但免疫介导机制似乎是其肝病的原因。基因表达的模式可以为疾病的病因和发病机制提供线索。

例如，如果一种疾病是由感染引起的，会观察到特定的细胞因子反应，而如果这种感染是病毒性、细菌性或寄生虫性的，则反应会有所不同。同样可能的是，如果疾病是由异生物质引起的反应，会引发某种特定的反应模式。在自身免疫性肝病患者中，可能是内源性和/或外源性抗原引发疾病，并随后引发自身免疫反应。最后，也有可能是一系列完全出乎意料的细胞事件导致了发病机制，而微阵列实验将使我们能够发现这些过程。HCV——丙型肝炎病毒感染的分子遗传学 HCV分子生物学：HCV是一种正链RNA黄病毒科病毒，基因组大小为9.6kB。该基因组编码一个约3000个氨基酸的多聚蛋白，随后被宿主和病毒特异性蛋白酶切割，产生4种结构多肽和6种非结构多肽。这4种功能蛋白包括一种金属蛋白酶（NS5A）、丝氨酸蛋白酶

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。