巨噬细胞适应导致遗传多样性大肠杆菌小菌落变体平行进化数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.3h9f5

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数据集大小约 115.7 KB。

数据说明

小菌落变异型（SCVs）在进化实验和临床分离株中普遍存在，与抗生素耐药性和持续性感染相关。我们最近观察到，在大肠杆菌适应与巨噬细胞相互作用的过程中，SCVs反复出现。为了鉴定这一临床相关形态型出现的遗传靶点，我们对独立进化的SCV克隆进行了全基因组测序。我们发现了新的突变靶点，此前未与SCVs相关联（如cydA、pepP），并观察到广泛的功能平行性。所有SCV克隆均在电子传递链相关基因中携带突变。由于SCVs在适应巨噬细胞过程中出现，且通常表现出抗生素耐药性增加，我们测量了SCV在巨噬细胞内的适应度，并测定了其抗生素耐药谱。SCVs在巨噬细胞内具有适应度优势，并在体外表现出氨基糖苷类耐药性增加，但对其他抗生素（如四环素）具有附带敏感性。重要的是，我们在体内观察到了类似结果。

SCVs在小鼠肠道定植时具有适应性优势，这一优势可通过抗生素治疗进行调节：卡那霉素（氨基糖苷类）增强了SCV的适应性，而四环素则显著降低了其适应性。我们的研究结果突显了利用实验进化作为基础，来识别宿主-微生物相互作用过程中适应的原因和后果的强大能力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。