CRISPR-B - WP2和3 - 比利时法兰德斯大蜜蜂SOV相关变异的后续等位基因频率筛查及全种群基因型-表型关联研究（基因型和表型数据）

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源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23566850

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数据说明

报告：比利时法兰德斯地区蜜蜂SOV相关变异的后续等位基因频率筛查及全种群基因型-表型关联研究

引言

“卵内抑制病毒感染”（SOV）性状可作为减少病毒从蜂王向其后代垂直传播的指标，因而成为选择性育种的潜力靶标。在本FWO资助项目的WP 2中，我们开展了全基因组关联（GWA）分析，以识别与源自SOV+/SOV-杂交蜂群的雄蜂样本中DWV-B感染结局变异相关的基因组区域。结果，通过单标记检验，共有1，221，554个单核苷酸多态性（SNP）和插入缺失（indel）被检测与DWV-B感染状态的关联。值得注意的是，在30个显示未校正显著性水平p ≤ 0.001的全基因组变异中，有18个（60%）聚集在7号染色体上一个相对狭窄的241，246个核苷酸宽的区域內。随后，应用弹性网回归进一步精细定位候选位点。

一个单变异模型将7号染色体上的基因间缺失（位置1.952.747）确定为DWV-B感染状态的最强预测因子，实现了68.2%的正确分类。该缺失位于先前确定的目标区域内，与感染风险增加相关，其在DWV阳性个体中的频率较高表明了这一点。来自单标记分析和多变量建模的证据汇聚于同一染色体区域，强化了以下假设：该位点在基于SOV的DWV感染动态中发挥作用，至少在人為创建的SOV+/SOV-杂交蜂群中如此。目的 本随访研究旨在验证先前在SOV+/SOV-杂交蜂群中确定的与DWV感染结局相关的基因组区域，并评估其与弗拉芒蜜蜂种群中SOV性状的相关性。通过这样做，我们检验了先前鉴定的

数据加载示例（图像类）

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import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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