北美埃及伊蚊(微卫星与SNP芯片)

埃及伊蚊约在500年前首次入侵美洲,如今是一种广泛分布的入侵物种,也是引起登革热、基孔肯雅热、寨卡和黃热病的病毒的主要传播媒介

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基因组分类埃及伊蚊北美微卫星SNP遗传多样性种群结构奠基者效应入侵生物学
Aedes aegypti in North America (Microsatellite and SNP array)

基本信息

模态
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任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

北美埃及伊蚊(微卫星与SNP芯片)

埃及伊蚊约在500年前首次入侵美洲,如今已成为一种广泛分布的入侵物种,同时也是引起登革热、基孔肯雅热、寨卡和黃热病的病毒的主要传播媒介。围绕这一物种在北美地区的定殖过程,本数据集提供了来自北美70个埃及伊蚊种群的遗传学数据,涵盖12个微卫星位点和/或约20,000个单核苷酸多态性(SNP)标记,是迄今为止该地区规模最大的埃及伊蚊遗传学研究。研究旨在检验北美定殖是否通过一系列奠基者事件完成,并给出了与系列奠基者效应(SFE)相一致的证据,其中佛罗里达被认为是向西一系列入侵的假定来源。

【数据集背景】

埃及伊蚊在约500年前首次入侵美洲,此后逐渐扩散,成为广泛分布的入侵物种,并作为登革热、基孔肯雅热、寨卡和黃热病等病毒的主要传播媒介。为理解其在北美地区的定殖与扩散过程,相关研究检验了“北美定殖通过一系列奠基者事件发生”这一假说,并聚焦于遗传多样性、遗传结构与种群人口历史。该数据集正是这一研究背景下产生的遗传学数据集合,其核心问题在于北美埃及伊蚊的定殖是否由系列奠基者效应驱动,以及佛罗里达是否构成向西入侵的假定来源。

【数据内容】

数据集英文名为 Aedes aegypti in North America (Microsatellite and SNP array)。数据来自北美70个埃及伊蚊种群,这些种群在12个微卫星位点和/或约20,000个单核苷酸多态性(SNP)位点上进行了基因分型。研究呈现了关于遗传多样性、结构和人口历史的结果。研究发现的证据与系列奠基者效应(SFE)驱动的定殖相一致,佛罗里达被认为是向西一系列入侵的假定来源。这一情景得到以下支持:其一,向西移动的埃及伊蚊种群的遗传多样性下降;其二,存在一种相关性(源站描述在此处截断,后续内容未提供)。本站分类为消化系统疾病 / 其他。

【采集与来源】

数据来源站为 search.dataone.org。源站描述指出,该研究是迄今为止对北美地区规模最大的埃及伊蚊遗传学研究,覆盖北美70个埃及伊蚊种群,使用12个微卫星位点和/或约20,000个SNP进行基因分型。关于样本采集的具体时间、地点、采样方法、伦理审批等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究与埃及伊蚊北美定殖相关的遗传多样性、遗传结构和人口历史问题,也可用于检验系列奠基者效应(SFE)假说,以及探讨佛罗里达作为向西入侵假定来源的可能性。由于埃及伊蚊是登革热、基孔肯雅热、寨卡和黃热病等病毒的主要传播媒介,相关遗传学数据亦可用于媒介种群扩散与入侵路径的研究背景。本站分类将其归入消化系统疾病 / 其他,但源站未提供该分类与数据集内容之间关系的进一步说明。其他具体应用场景,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据格式、字段说明、分析流程、软件工具或代码示例等。

【质量与限制】

源站描述提及该研究是迄今为止该地区规模最大的埃及伊蚊遗传学研究,使用12个微卫星位点和/或约20,000个SNP,覆盖北美70个种群。源站描述中关于“相关性”的表述在提供的信息中不完整,无法确认其完整结论。关于数据质量评估、误差率、缺失值、样本代表性、适用范围限制等信息,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

埃及伊蚊大约在500年前首次入侵美洲,如今已成为广泛分布的入侵物种,也是引起登革热、基孔肯雅热、寨卡和 yellow fever 的病毒的主要传播媒介。在此,我们检验了埃及伊蚊在北美定殖是通过一系列奠基者事件发生的假说。我们利用北美70个埃及伊蚊种群在12个微卫星位点和/或约20,000个单核苷酸多态性(SNPs)位点上的基因分型数据,呈现了关于遗传多样性、结构和种群统计历史的研究结果,这是迄今为止该地区规模最大的遗传学研究。我们发现了与连续奠基者效应(SFE)驱动的定殖相一致证据,佛罗里达是一系列向西入侵的推定来源。这一情景得到以下支持:1)埃及伊蚊种群向西移动时遗传多样性下降,2)成对遗传距离与地理距离之间的相关性,以及3)基于等位基因频率的种群统计分析……

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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