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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1503660：广谱抗生素暴露相关的肠道微生物组变化

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项生物学研究项目，编号为 PRJNA1503660，英文标题为“Gut Microbiome Changes Associated with Broad-Spectrum Antibiotic Exposure”，即“与广谱抗生素暴露相关的肠道微生物组变化”。从标题可以看出，该项目的核心关注点在于广谱抗生素使用后肠道微生物群落所发生的变化，属于微生物组学与临床医学交叉的研究方向。在分类上，该数据集被归入消化系统疾病 / 腹泻类别，提示其研究内容与肠道微生态失衡及腹泻等消化系统表现存在关联。数据主题标签为“Raw sequence reads”，说明该项目对外提供的数据类型为原始测序读长，通常可用于后续的微生物群落组成分析、物种注释及差异比较等研究。整体而言，这是一个围绕抗生素暴露与肠道菌群关系、以高通量测序原始数据为主要产出形式的 BioProject 记录。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的各类生物学数据。按照 NCBI 的说明，一个 BioProject 记录来源于单一机构或联合体，并为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集即属于此类项目记录，其研究主题聚焦于广谱抗生素暴露与肠道微生物组变化之间的关系。广谱抗生素在临床中应用广泛，其可能对肠道菌群结构和多样性产生影响，而肠道菌群的变化又与腹泻等消化系统问题相关，因此该项目被置于消化系统疾病 / 腹泻的分类之下。项目标题直接点明了“广谱抗生素暴露”与“肠道微生物组变化”两个关键要素，表明其研究目标在于观察和描述抗生素使用背景下肠道微生物群落的改变。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据内容以原始测序读长为主。这类数据通常来自高通量测序平台，是后续微生物组分析的基础材料，可用于评估样本中微生物的组成、丰度及多样性等信息。除原始测序读长这一数据类型标签外，关于样本数量、测序平台、测序区域、读长长度、数据量大小等具体内容，源站未提供。该数据集被归入消化系统疾病 / 腹泻分类，说明其数据可能涉及与腹泻相关的肠道微生物组样本，但具体的样本分组、临床信息及实验设计细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。其源站标题为“ID 1503660 - BioProject - NCBI”，项目编号为 PRJNA1503660。BioProject 记录本身是围绕单一研究计划或联合体计划组织的数据集合，提供指向该项目所产生多种数据类型的链接。关于样本采集地点、采集时间、受试者或样本来源信息、伦理审批信息以及具体的采集流程，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题和数据类型，该数据集可适用于与肠道微生物组相关的研究场景，例如分析广谱抗生素暴露前后肠道微生物群落结构的变化、比较不同样本之间的微生物组成差异，或作为微生物组数据再分析的原始数据来源。由于其被归入消化系统疾病 / 腹泻分类，也可能用于探讨肠道菌群变化与腹泻等消化系统表现之间关联的研究。此外，原始测序读长数据可用于方法学验证、流程测试或与其他微生物组数据集的整合分析。需要说明的是，上述适用方向系依据数据主题与类型所作的通用性说明，具体研究目的与适用范围应以源站记录为准。

【使用方法】

该数据集以原始测序读长形式提供，通常需要经过质量控制、去接头、比对或聚类等生物信息学处理步骤，才能用于微生物群落组成和多样性分析。用户可通过 NCBI BioProject 记录获取该项目所关联的数据链接，进而访问相应的测序数据。关于具体的下载方式、数据文件格式、分析流程建议以及配套的元数据文件，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录，其数据组织方式遵循 BioProject 的通用框架。关于数据质量评分、测序深度、覆盖度、样本重复情况、批次效应以及数据完整性等具体质量指标，源站未提供。此外，该数据集被归入消化系统疾病 / 腹泻分类，但关于其临床诊断标准、样本纳入与排除条件等信息，源站未提供。因此，在使用该数据集时，应结合源站记录及关联数据自行评估其适用性与局限性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA1503660。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及是否需要获得额外授权等信息，源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关规定，并查阅源站记录以获取最新的引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1503660

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1503660

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究住院成人腹泻患者中累积广谱抗生素暴露与肠道微生物组破坏之间的关联。对粪便标本进行鸟枪法宏基因组测序，以表征微生物群落组成、多样性、功能潜力及抗菌药物耐药基因。数据集包括横断面样本和纵向采集的配对标本。提交前已去除人源测序reads。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别