ARF6 在胆道闭锁中的作用

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：The Role of ARF6 in Biliary Atresia
• DOI：10.1371/journal.pone.0138381
• 发布日期：2015-09-17
• 文件数：12 个
• 文件总体积：22.42 MB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_The_Role_of_ARF6_in_Biliary_Atresia_/1547685

命令行下载

curl -L -o "S1_Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/2269727"
curl -L -o "S2_Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/2269728"
curl -L -o "S3_Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/2269729"
curl -L -o "S4_Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/2269732"
curl -L -o "S5_Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/2269734"
curl -L -o "S6_Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/2269735"
curl -L -o "S7_Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/2269736"
curl -L -o "S8_Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/2269737"

文件清单

• S1_Fig.tif（1.75 MB）
• S2_Fig.tif（4.39 MB）
• S3_Fig.tif（3.33 MB）
• S4_Fig.tif（3.25 MB）
• S5_Fig.tif（2.31 MB）
• S6_Fig.tif（3.13 MB）
• S7_Fig.tif（1.77 MB）
• S8_Fig.tif（1.87 MB）
• S1_Table.docx（20.96 KB）
• S2_Table.xls（360.96 KB）
• S3_Table.xlsx（212.82 KB）
• S4_Table.docx（18.69 KB）

文件总体积 22.42 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

背景与目的
肝外胆管改变、肠道及心血管异常构成胆道闭锁（BA）的可变表型。方法
为识别潜在的易感位点，我们在美国两个中心对白种人儿童进行了比较，包括正常对照和BA病例，检测了超过550000个SNP位点。对数据进行了系统生物学分析。为验证分析中识别出的关键基因，我们在受精后2-5天的斑马鱼胚胎中，通过吗啉代反义寡核苷酸敲低候选基因ADP核糖基化因子6（ARF6，Mo-arf6）后，评估了胆道形态发生。结果
在中心1和中心2分别有39例和24例病例，以及1907例对照，主成分分析显示它们聚集在一起。在ARF6的3‘侧翼增强子区域，SNP rs3126184和rs10140366在每个队列中均显示较高的次要等位基因频率（MAF），63例合并病例与对照组相比（0.286 vs. 0.131，P = 5.94x10-7，OR 2.66；0.286 vs. 0.13，P = 5.57x10-7，OR 2.66）。在总共77例病例中，包括14例仅对rs3126184进行基因分型的额外BA病例，显著性增强（p = 1.58x10-2，OR = 2.66）。

对CHP病例中排名前1000的SNP进行通路分析，揭示了EGF调节因子基因的富集(p-7)、ERK/MAPK和CREB经典通路(p-34)，以及细胞发育和增殖的功能网络(p-45)，进一步支持了EGFR-ARF6信号在BA中的作用。在斑马鱼胚胎中，注射Mo-arf6导致肝内胆管网络稀疏、胆管上皮细胞多处缺陷，与未注射的胚胎相比，向胆囊的胆汁排泄不良。单独使用EGFR阻断剂AG1478或以较低剂量的每种药物与Mo-arf6一起使用，可重现胆管缺陷，并用arf6 mRNA挽救。结论
与BA相关的SNP确定了包含ARF6基因的染色体14q21.3易感位点。斑马鱼中arf6的敲低表明早期胆管发育不良是BA的基础，并且还提示EGFR信号在BA发病机制中的作用。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0138381（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_The_Role_of_ARF6_in_Biliary_Atresia_/1547685）。