基本信息

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基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

父系裸盖菇素暴露后小鼠精子小RNA测序

PRJNA1536452 是 NCBI BioProject 数据库中的一个项目编号，其主题为父系裸盖菇素暴露后小鼠精子的小RNA测序。该数据集归属于化学诱发性障碍 / 其他这一分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Raw sequence reads。从整体上看，该项目关注的是在小鼠模型中，父代接受裸盖菇素暴露之后，对其精子小RNA进行测序所获得的数据。BioProject 作为生物数据的集合，通常围绕某一项单一研究计划而组织，来源于单一机构或联合体，并为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一入口。该数据集即属于此类项目记录，其核心内容指向父系裸盖菇素暴露与小鼠精子小RNA测序之间的关联研究，属于化学诱发性障碍相关研究方向。

【数据集背景】

该数据集的英文名称为 PRJNA1536452: Small RNA sequencing of mouse sperm following paternal psilocybin exposure，源站标题为 ID 1536452 - BioProject - NCBI。从名称和标题可以看出，该项目围绕父系裸盖菇素暴露这一实验条件展开，研究对象为小鼠精子，所采用的测序策略为小RNA测序。裸盖菇素是一种具有精神活性作用的物质，将其与父系暴露相联系，提示该研究可能关注暴露对生殖细胞中非编码小RNA的影响。该数据集被归入化学诱发性障碍 / 其他分类，说明其在主题上可能与化学物质诱发的障碍或相关生物学效应有关。BioProject 记录本身并不等同于单一实验数据文件，而是作为项目层面的入口，汇集与该项目相关的多种数据类型和链接。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，表明其数据内容以原始序列读段为主。结合数据集名称可知，这些原始序列读段来自对小鼠精子进行的小RNA测序。小RNA测序通常用于检测和定量微小RNA及其他小非编码RNA，但该数据集具体包含哪些样本、测序平台、读长、数据量等信息，源站未提供。除原始序列读段这一主题标签外，源站未提供更详细的数据组成说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 ID 1536452 - BioProject - NCBI。BioProject 记录通常来源于单一组织或联合体，用于汇集某一研究计划所产生的生物数据。就本数据集而言，其采集对象为父系裸盖菇素暴露后的小鼠精子，采集方式为小RNA测序。关于具体的动物品系、暴露剂量、暴露时间、样本采集时间点、测序平台及建库方法等实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与父系化学物质暴露、生殖细胞小RNA、化学诱发性障碍等方向相关的研究场景。研究人员可将其作为项目层面的入口，查找与父系裸盖菇素暴露后小鼠精子小RNA测序相关的原始序列读段。由于主题标签为 Raw sequence reads，该数据也可用于需要从原始读段开始进行重新分析或整合分析的场景。关于该数据集是否适用于特定疾病模型、特定通路分析或特定比较研究，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目编号 PRJNA1536452 或标题 ID 1536452 - BioProject - NCBI 进行检索，进而访问该项目记录。BioProject 记录提供指向该项目所产生多种数据类型的链接，用户可据此定位相关的原始序列读段数据。关于具体的下载方式、数据格式、分析流程或推荐工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 记录形式存在，提供项目层面的信息入口，而非经过统一质控或加工的分析结果。其主题标签为 Raw sequence reads，意味着数据主要为原始读段，后续分析需由用户自行完成。关于该数据集的测序质量、样本量、重复数、批次效应、污染控制等质量相关信息，源站未提供。此外，该数据集仅涉及小鼠精子小RNA测序，其结论能否推广至其他物种、其他暴露条件或其他组织，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 ID 1536452 - BioProject - NCBI。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或数据共享政策，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1536452

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1536452

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨父代暴露于裸盖菇素对小鼠附睾尾精子小非编码RNA谱的影响。对暴露于裸盖菇素的雄性小鼠和对照雄性小鼠的精子样本进行了小RNA测序。该数据集包含六个裸盖菇素样本和四个对照样本，支持对microRNA、tRNA衍生小RNA、piRNA及其他小非编码RNA种类的比较分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别