动脉移植物单细胞水平优化研究中的单细胞RNA测序数据
研究以临床效果最佳的ITA为参照，探索RA与RGA的优化策略。数据以CellRanger处理结果形式提供，可用于比较不同动脉移植物的细胞组成与转录特征，为冠状动脉旁路移植术中移植物选择与优化提供单细胞层面的依据（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）
基本信息
资源简介
动脉移植物单细胞水平优化研究中的单细胞RNA测序数据
The single-cell RNA-seq data generated in the study Strategies for Arterial Grafts Optimization at Single Cell Level
该数据集收录了在《Strategies for Arterial Grafts Optimization at Single Cell Level》研究中产生的人类单细胞RNA测序数据，共9个样本，涵盖ITA、RA和RGA三种动脉移植物。研究以临床效果最佳的ITA为参照，探索RA与RGA的优化策略。数据以CellRanger处理结果形式提供，可用于比较不同动脉移植物的细胞组成与转录特征，为冠状动脉旁路移植术中移植物选择与优化提供单细胞层面的依据（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2024-03-08。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该数据集集合包含在《Strategies for Arterial Grafts Optimization at Single Cell Level》研究中产生的人类单细胞RNA测序数据。冠状动脉疾病（CAD）是心肌梗死和心力衰竭的主要原因。冠状动脉旁路移植术（CABG）是治疗CAD最有效的方法，尤其是在某些高风险情况下，如严重病变或合并其他心脏疾病。冠状动脉旁路移植术中常用的动脉移植物包括内乳动脉（ITA）、桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA），其中ITA的临床结果最佳。在此，我们进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），以ITA为参照，寻找RA和RGA的优化策略。对于本研究中收集的九个样本（RA1、RA2、RA3、ITA1、ITA2、ITA3、RGA1、RGA2、RGA3）中的每一个，CellRa
【数据结构与技术规格】
文件数 9 个，合计 1.50 GB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.24922941.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Cardiology (incl. cardiovascular diseases)、Genomics and transcriptomics。主题标签：Coronary Artery Bypass Grafting、Arterial Grafts、scRNA-seq。本站分类：循环系统疾病/心力衰竭。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Cardiology (incl. cardiovascular diseases)、Genomics and transcriptomics。
【获取与许可】
源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/The_single-cell_RNA-seq_data_generated_in_the_study_b_i_Strategies_for_Arterial_Grafts_Optimization_at_Single_Cell_Level_i_b_/24922941
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Dai, Min (2024). The single-cell RNA-seq data generated in the study Strategies for Arterial Grafts Optimization at Single Cell Level. figshare. Dataset
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源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.24922941.v1
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 1.50 GB。
数据说明
该数据集集合包含在《单细胞水平动脉移植物优化策略》研究中生成的人类单细胞RNA测序数据。冠状动脉疾病（CAD）是心肌梗死和心力衰竭的主要原因。冠状动脉旁路移植术（CABG）是治疗CAD最有效的方法，特别是在一些高风险情况下，如严重病变或合并其他心脏疾病。冠状动脉旁路移植术中常用的动脉移植物包括胸廓内动脉（ITA）、桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA），其中ITA的临床结果最佳。在此，我们采用单细胞RNA测序（scRNA-seq），以ITA为参考，寻找RA和RGA的优化策略。本研究中收集的九个样本（RA1、RA2、RA3、ITA1、ITA2、ITA3、RGA1、RGA2、RGA3）中的每一个，其CellRanger输出的基因表达矩阵（包括raw_feature_bc_matrix和filtered_feature_bc_matrix）均以h5格式和mtx.gz格式提供。
使用CellRanger（版本5.0.1，10x Genomics）默认参数，将所有样本的单细胞RNA测序数据映射到10x Genomics提供的人类参考基因组（GRCh38）上。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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