AC16细胞中HMGN3 ChIP-seq及HMGN3敲低前后Bulk-RNAseq
数据覆盖HMGN3在AC16细胞中的染色质结合位点及基因表达变化，可用于研究HMGN3在心力衰竭等循环系统疾病中的调控作用（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
AC16细胞中HMGN3 ChIP-seq及HMGN3敲低前后Bulk-RNAseq
PRJNA1311517 是一个围绕 HMGN3 蛋白在 AC16 细胞中功能展开的生物学研究项目，整合了染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）与批量 RNA 测序（Bulk-RNAseq）两类数据。该项目旨在从染色质结合与基因表达两个层面，刻画 HMGN3 在 AC16 细胞中的调控行为，并进一步比较 HMGN3 敲低与否条件下的转录组差异。数据集被归类于循环系统疾病 / 心力衰竭方向，主题标签为 Other，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。整体而言，该数据集为研究 HMGN3 在心力衰竭等循环系统疾病中的潜在调控作用提供了可公开获取的原始数据资源，适合具备分子生物学与生物信息学背景的研究人员使用。
【数据集背景】
HMGN3 属于高迁移率族核小体结合蛋白家族，通常被认为参与染色质结构的调节以及基因转录的调控。AC16 细胞是一种常用于心血管研究的人源心肌细胞模型，因此在该细胞体系中研究 HMGN3 的染色质结合特征与表达调控效应，有助于理解其在心肌细胞中的分子功能。该数据集以 BioProject 的形式组织，将同一研究目标下产生的多种数据类型汇聚于一个项目记录中，便于用户集中检索与获取。项目标题明确指向 HMGN3 在 AC16 细胞中的 ChIP-seq，以及在 HMGN3 敲低与未敲低条件下 AC16 细胞的 Bulk-RNAseq，说明研究设计同时覆盖了“结合在哪里”与“表达如何变化”两个核心问题。数据集被本站归入循环系统疾病 / 心力衰竭分类，提示其应用语境与心脏疾病研究相关。
【数据内容】
该数据集包含两类测序数据。第一类为 HMGN3 ChIP-seq，在 AC16 细胞中进行，用于检测 HMGN3 蛋白在染色质上的结合位点。第二类为 Bulk-RNAseq，同样在 AC16 细胞中开展，并设置了 HMGN3 敲低与未敲低两种条件，用于比较基因表达层面的差异。通过这两类数据的组合，可以观察 HMGN3 的结合位点与其调控的基因表达变化之间的对应关系。数据覆盖 HMGN3 在 AC16 细胞中的染色质结合位点及基因表达变化，可用于研究 HMGN3 在心力衰竭等循环系统疾病中的调控作用。除上述内容外，源站未提供更细化的数据条目、样本数量、测序平台或文件格式等信息。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体以 BioProject 记录的形式呈现，项目英文名称为 PRJNA1311517: HMGN3 ChIP-seq in AC16 cells and Bulk-RNAseq in AC16 cell with and without HMGN3 knockdown，源站标题为“HMGN3 ChIP-seq in AC16 cells and Bulk-RNAseq in AC... (ID 1311517) - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物数据，这些数据通常来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。关于本项目的具体提交机构、提交时间、样本采集细节及实验流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向：一是分析 HMGN3 在 AC16 心肌细胞中的染色质结合图谱，识别其潜在的靶基因或结合区域；二是通过敲低与未敲低条件下的转录组比较，筛选受 HMGN3 影响的差异表达基因；三是将 ChIP-seq 与 RNAseq 结果联合分析，探索 HMGN3 的结合事件与基因表达调控之间的关联；四是在循环系统疾病、尤其是心力衰竭的背景下，考察 HMGN3 的潜在调控作用。由于 AC16 细胞是心肌细胞模型，该数据集也可用于心血管分子机制研究中的候选因子验证与假设生成。具体分析目标需结合用户自身研究问题确定，源站未提供推荐的分析流程或应用结论。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目编号 PRJNA1311517 或相关标题关键词进行检索，进入项目记录页面后获取该项目所链接的数据类型与下载入口。由于 BioProject 记录本身是数据链接的汇聚点，用户可据此定位到对应的 ChIP-seq 与 RNAseq 数据资源。在使用时，建议根据研究目的分别处理两类数据：对 ChIP-seq 数据进行比对、峰 calling 与注释，以获得 HMGN3 的结合位点；对 Bulk-RNAseq 数据进行表达定量与差异分析，比较 HMGN3 敲低与未敲低条件下的基因表达变化；随后可开展整合分析。关于具体的下载文件列表、数据处理参数与软件选择，源站未提供，需用户依据通用生物信息学实践自行确定。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开可获取的项目记录。其数据覆盖 HMGN3 在 AC16 细胞中的染色质结合位点及基因表达变化，可用于研究 HMGN3 在心力衰竭等循环系统疾病中的调控作用。但需注意，AC16 细胞为体外细胞模型，其结果不能直接等同于临床样本或动物模型中的结论。此外，关于样本重复数、测序深度、数据质量控制指标、批次效应以及数据完整性等信息，源站未提供，因此用户在开展分析前应自行评估数据质量与适用性。该数据集的主题标签为 Other，分类为循环系统疾病 / 心力衰竭，使用时应结合具体研究背景判断其相关性。
【引用与许可】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目编号为 PRJNA1311517。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制以及是否允许再分发等具体规定，源站未提供。用户在发表研究成果或二次使用数据时，应访问源站页面查阅相关的引用要求与使用政策，并遵循 NCBI 及数据提交方所规定的条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1311517
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
染色质结构在调控基因表达和维持细胞身份中发挥核心作用，然而在心脏疾病中驱动这些过程的结构因素仍鲜有明确界定。为探究这些因素能否区分健康与患病的的心脏细胞群体，我们基于广泛的文献综述，生成了一份全面的染色质结构基因列表。将该列表应用于已发表的来自扩张型心肌病（DCM）患者及健康人心脏的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，我们发现染色质结构基因表达能够有效按疾病状态对心肌细胞和成纤维细胞群体进行分层。患病心肌细胞表现出收缩基因表达降低和心肌病标志物表达升高，而成纤维细胞则显示出增强的激活特征。在这些因素中，HMGN3成为一个值得关注的候选因子，在人类患者的心肌细胞中，以及在小鼠（压力超负荷）和猪（心肌梗死）心力衰竭模型中，均表现出一致的下调。
在AC16细胞中进行的功能研究显示，HMGN3耗竭减少了增殖，增加了凋亡，并降低了活性染色质标记（H3K27ac、H3K4me1），同时伴有染色质紧密度增加。这些发现表明HMGN3是病变心肌细胞中染色质结构的潜在调节因子，突显了染色质结构基因表达在区分病理心脏状态中的实用性，并强化了染色质组织在塑造心脏表型中的作用。在该数据集中，使用AC16细胞生成了有和无HMGN3敲低的HMGN3 ChIP-seq和Bulk-RNAseq数据。总体设计：从经携带HMGN3敲低序列和乱序（对照）序列的siRNA处理的AC16细胞中生成ChIP-seq和Bulk-RNA-seq数据。处理72小时后收获细胞。对于Bulk-RNA seq
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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