KLF2调控的小鼠胚胎卵黄囊红系细胞基因表达

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-27602

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数据说明

KLF2是一种Krüppel样锌指转录因子，为血管、肺、T细胞和红系发育所必需。KLF2-/-小鼠因出血和心力衰竭在胚胎第14.5天（E14.5）死亡。与野生型（WT）相比，KLF2-/-胚胎中胚胎型珠蛋白基因表达降低，且E10.5红系细胞表现出异常形态。通过激光捕获显微切割和微阵列分析，比较E9.5 KLF2-/-与WT卵黄囊红系细胞，鉴定了其他KLF2靶基因。196个基因表达存在显著差异；其中89个在KLF2-/-中较WT下调。参与细胞迁移、分化和发育的基因在KLF2调控基因列表中过度呈现。先前鉴定的红系富集调控基因，如reelin、腺苷酸环化酶7、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白2α和CD24a抗原，在KLF2-/-中较WT下调。SOX2，一种胚胎干细胞中的多能性因子，也是胚胎红系细胞中KLF2的靶标。

我们研究了reelin是否在胚胎红细胞生成中发挥作用，尽管其在神经元迁移和增殖中的作用已得到确认。荧光素酶报告基因实验表明，KLF2直接反式激活reelin启动子，但reelin突变小鼠在胚胎红细胞形态或珠蛋白基因表达方面没有明显异常。定时怀孕的KLF2+/-雌鼠被麻醉并处死。从胚胎中解剖出E9.5卵黄囊，在PBS中的20%蔗糖中进行冷冻保护，并冷冻在OCT培养基中。胚胎尾部的一小部分用于PCR基因分型。获取了八微米厚的KLF2-/-冷冻卵黄囊切片，并使用激光捕获显微切割（LCM）分离原始红细胞前体。对于每个生物学重复，使用了来自2个不同窝的2至4个卵黄囊。从4个不同的KLF2-/-红细胞样本中分离总RNA，并杂交到

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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