通过数据挖掘、iTRAQ-PRM蛋白质组学与生物信息学整合分析揭示扩张型心肌病潜在分子机制

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD038946

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

扩张型心肌病（DCM）是一种全球常见的心肌病，以心室扩张和收缩功能障碍为特征。DCM是导致猝死和心力衰竭的最常见疾病之一。然而，由于其病因和潜在机制，我们对其分子机制的理解仍然有限。人类心肌组织获取困难是DCM研究中的一个重大限制。首先，从公共数据库中下载了DCM疾病靶基因，并确定了935个基因作为关键靶基因。接下来，在我们的动物实验中，共鉴定出787个差异表达蛋白（DEPs），包括353个上调和434个下调蛋白。对这些DEPs的功能注释揭示了复杂的分子机制，包括氧化还原过程、三羧酸循环、蛋白质折叠，并触发了一系列涉及TCA循环、氧化磷酸化、心肌收缩的分子通路。最后，分析了DEPs与公共数据集中筛选出的靶基因的关联。重叠蛋白通过平行反应监测（PRM）进行了验证。

我们获得了154个关键蛋白，并进一步确定了这三条通路的重要性。总之，本研究深入揭示了DCM详细的分子机制，并有助于识别与其相关的潜在蛋白质。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。