人类左心发育不良综合征的细胞与转录图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE349244

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

发育不良左心综合征（HLHS）是一种先天性心脏缺陷，其特征为左心室发育受损，通常通过外科姑息手术构建单心室（SV）进行管理。解剖右心室（RV）功能衰竭是常见并发症，死亡率高。我们采用单核RNA测序技术，构建了儿童非衰竭（NF）与衰竭（SysHF）单心室图谱。成纤维细胞和心内膜细胞在NF与SysHF之间展现出最显著的转录变化。值得注意的是，在SysHF中活化成纤维细胞扩增，且心内膜细胞在SysHF样本中呈现促纤维化转变。配体-靶点分析预测了SysHF中表达CCN2的心内膜细胞向成纤维细胞传递的疾病状态特异性信号。计算机模拟扰动预测FOS和JUN为成纤维细胞活化及心内膜病理发生的调节因子。最后，将HLHS数据与成人及小鼠右心室衰竭数据进行比较，以深入了解共有的病理过程及当前动物模型的适用性。

这些发现为SV提供了基础参考，并暗示内皮细胞与成纤维细胞之间的细胞非自主信号传导是SV收缩性心力衰竭的驱动因素。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。