RBFOX2剂量敏感自剪接通过转录组成熟促进心肌细胞分化[eCLIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE310128

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA剪接调控因子RBFOX2的单倍剂量不足与先天性心脏病（CHD）相关，但其致病机制及对心力衰竭（HF）风险的贡献仍不清楚。在此，我们证明RBFOX2对心肌细胞（CM）分化的推进至关重要，其通过将编码肌节、细胞骨架和黏着斑组分的基因的外显子使用谱转变为更成熟的状态来实现。此外，这一成熟程序由RBFOX2在编码早期和晚期异构体的互斥外显子上的自剪接所启动，这些异构体具有不同的功能作用。在杂合CM中，自剪接受到破坏，导致RBFOX2异构体比例偏移，并因错误的外显子共包含而产生显性负性异构体。最后，我们证明过表达正确剪接的ALPHA-ACTININ 2可通过恢复收缩性来挽救杂合子表型而非完全缺失表型，恢复收缩性触发了涉及RBFOX2上调和转录组成熟的机械感知反馈环路。总之，我们的数据表明RBFOX2剂量减少和自剪接异常参与CHD发病机制，并增加HF风险的易感性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。