AC16细胞HMGN3 ChIP-seq及HMGN3敲低前后Bulk-RNAseq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306626

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

染色质结构在调控基因表达和维持细胞身份中发挥核心作用，然而在心脏疾病中驱动这些过程的结构因素仍鲜有明确界定。为探究这些因素能否区分健康与患病的的心脏细胞群体，我们基于广泛的文献综述，生成了一份全面的染色质结构基因列表。将该列表应用于已发表的来自扩张型心肌病（DCM）患者及健康人心脏的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，我们发现染色质结构基因表达能够有效按疾病状态对心肌细胞和成纤维细胞群体进行分层。患病心肌细胞表现出收缩基因表达降低和心肌病标志物表达升高，而成纤维细胞则显示出增强的激活特征。在这些因素中，HMGN3成为一个值得关注的候选因子，在人类患者的心肌细胞中，以及在小鼠（压力超负荷）和猪（心肌梗死）心力衰竭模型中，均表现出一致的下调。

在AC16细胞中进行的功能研究显示，HMGN3耗竭减少了细胞增殖，增加了细胞凋亡，并降低了活性染色质标记（H3K27ac、H3K4me1），同时伴有染色质压缩增加。这些发现表明HMGN3是病变心肌细胞中染色质结构的潜在调控因子，突显了染色质结构基因表达在区分病理心脏状态中的实用性，并强化了染色质组织在塑造心脏表型中的作用。在该数据集中，使用AC16细胞生成了有和无HMGN3敲低的HMGN3 ChIP-seq和Bulk-RNAseq数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。