Whippet犬二尖瓣退变严重程度与15号染色体位点关联数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.78b22

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数据集大小约 83.4 MB。

数据说明

二尖瓣退化（MVD）是犬类最常见的心脏疾病形式，常导致左侧充血性心力衰竭和心源性死亡。尽管特定品种的疾病特征和过度代表性指向MVD的遗传起源，但致病突变和完整的分子发病机制尚不清楚。惠比特犬在MVD发病率中过度代表，表明该品种存在遗传成分。该病症的表现度可变，一些犬在较早年龄就显示出更严重疾病的证据，而其他犬则不然。这一现象使得传统的病例对照遗传研究容易发生表型错误。本研究旨在通过全基因组关联研究（GWAS）识别与惠比特犬MVD严重程度相关的遗传位点，以避免这些常见陷阱。对138只惠比特犬通过超声心动图检查进行了MVD特征描述，并开发了一种新的疾病严重程度评分，并在每个受试者中根据年龄进行了调整。从每个研究受试者的血液中分离DNA，获取了单核苷酸多态性（SNP）基因型数据（170k Illumina CanineHD SnpChip）。

在对130只犬采用高效混合模型关联加速法（EMMAX）校正群体分层后，进行了连续变量全基因组关联分析。在15号染色体上发现了一个全基因组显著关联（峰值位点57,770,326；校正P值 = 0.049），并在2号染色体上发现了提示性关联的次级位点（峰值位点37,628,875；校正P值 = 0.079）。在初级和次级位点内确定了位置候选基因，包括卵泡抑素相关蛋白5前体（FSTL5）和Rho GTP酶激活蛋白26（ARHGAP26）。这些结果支持了惠比特犬MVD严重程度具有遗传基础的假设，并值得通过候选基因测序或下一代技术进一步研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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