哺乳动物小脑的细胞发育与演化

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/72d37bc9-76cc-442d-9131-da0e273862db

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

新皮层的扩张是哺乳动物进化的标志，伴随着小脑神经元数量的增加。然而，关于哺乳动物小脑发育背后细胞程序的进化，我们知之甚少。在这项研究中，我们生成了约40万个细胞的单核RNA测序数据，以追踪人类、小鼠和有袋类负鼠从早期神经发生到成年期的小脑发育。我们建立了发育中哺乳动物小脑细胞多样性的共识分类，并通过在人类胎儿小脑中的空间映射进行了验证。我们的跨物种分析显示，细胞类型生成的发展动态在很大程度上是保守的，除了浦肯野细胞，我们在人类谱系中观察到了早期出生亚型的扩张。全局转录组谱、保守的细胞状态标记以及跨神经元分化的基因表达轨迹表明，小脑细胞类型定义程序至少已保持了1.6亿年。

然而，我们也发现许多直系同源基因在其中一个物种的小脑神经细胞类型中获得或失去了表达，或在神经元分化过程中演化出新的表达轨迹，这表明细胞类型层面存在广泛的基因重利用。总之，我们的研究揭示了控制小脑细胞发育的共享及谱系特异性程序，并拓展了我们对哺乳动物大脑演化的理解。疾病：急性心肌梗死、先天性心脏病、心力衰竭、正常。组织：小脑皮层、小脑半球、小脑、小脑蚓部小叶、齿状核、小脑后叶半球部分。检测方法：10x 3‘ v2、10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。