小鼠心肌细胞与人心肌膜蛋白及相关蛋白的生物信息学分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD017732

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们考察了来源于人胎儿及小鼠新生儿心室心肌细胞的多个基于蛋白质组学和RNA-Seq的数据集，这些数据集聚焦于心脏富集、细胞表面及膜相关蛋白。通过整合现有的微阵列与组织表达谱数据以及MGI表型分析，我们鉴定出173种膜相关蛋白，这些蛋白在心脏中富集、在真核物种间保守，且尚未与“心脏”表型本体（Phenotype-Ontology）相关联。为彰显该数据集的应用价值，我们选取了若干蛋白进行更深入的研究，包括FAM162A、MCT1和COX20，以展示其在心脏中的富集情况、亚细胞分布及疾病中的表达模式。我们采用三维成像技术验证了这些蛋白在成年小鼠心室心肌细胞中的亚细胞定位与表达。FAM162A、MCT1和COX20在小鼠和人类多种心脏疾病的转录组学和蛋白质组学水平上呈现差异表达，可能成为人类扩张型心肌病和缺血性心肌病的潜在诊断与治疗靶点。

总之，我们相信这一全面的心肌细胞膜蛋白质组数据集将对未来旨在鉴定心脏病标志物和/或心力衰竭治疗靶点的研究大有裨益。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。