用力量谱量化细菌视紫红质中光诱导的能量变化

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A13b92d13e94fabad76befac69e51865e441372db6a6fa5f0132c0a44cb5a8922

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数据说明

配体诱导的构象变化对许多膜蛋白的功能至关重要，并源于众多分子内相互作用。在模型膜蛋白细菌视紫红质（bR）的光循环中，视黄醛吸收光子触发构象级联反应，最终导致质子被泵送穿过细胞膜。尽管数十年的光谱学和结构研究已对该光循环进行了精细的探究，但作为蛋白质运动基础的分子内能量学变化仍难以通过实验进行定量。在此，我们利用基于原子力显微镜的单分子力谱技术在毫秒时间尺度上测量了这些能量学变化。精确计时的光脉冲触发bR光循环，同时我们测量了bR G螺旋末端8个氨基酸区域的平衡去折叠和再折叠。

当EF-螺旋对在bR光循环的“开放”阶段从G螺旋的这一端移动约9 Å时，这些动力学发生了变化……，，，# 数据集概述：本仓库包含论文“Quantifying a light-induced energetic change in bacteriorhodopsin by force spectroscopy”（PNAS，2024，作者David R. Jacobson和Thomas T. Perkins）中图表所用的原始数据文件，包括SI附录中的图表。# 文件格式： 所有数据文件均为CSV格式。数据以逗号分隔。除能量单位为kcal/mol外，其余单位均为SI单位。# 数据文件及说明：## Fig2B.csv、Fig2C.csv 说明：单分子bR光激活实验数据。变量：在Fig2B.csv中 time_index：时间，单位为秒 Lc_4_1508_18、Lc_18_1054_22、Lc_24_887_112：三种不同分子的轮廓长度，单位为米（去稳定行为）在Fig2C.csv中 time_index：时间，单位为秒 Lc_10_83_58、Lc_11_446_96、Lc_20_814_32：三种不同分子的轮廓长度，单位为米（错误折叠行为）对应图表：论文中的图2B和2C。 ## Fig3A.csv、Fig3B.csv ``` 描……

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。