宏基因组血液采样鉴定感染性心内膜炎患者病原体的准确性

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT06309680

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数据说明

疾病：感染性心内膜炎。感染性心内膜炎（IE）发生于细菌或真菌定植于心脏瓣膜并损伤组织时。该病可造成灾难性后果，导致死亡、心力衰竭、卒中、肾衰竭及其他并发症。约50%的感染性心内膜炎患者因瓣膜损伤需要心脏手术；早期抗生素治疗可减少并发症、改善预后，并减少手术需求。这依赖于快速、准确地确定致病微生物，以便给予有效且有针对性的抗菌治疗。目前鉴定细菌的最佳技术是血培养——通过从血液中培养微生物来进行鉴定。然而，这通常需要长达5天。高达18%的患者血培养未能鉴定出致病微生物——血培养阴性感染性心内膜炎（BCNIE）。因此，患者接受广谱抗生素治疗，其毒性高于针对性方案，导致并发症发生率更高。因此，需要替代标准血培养的技术。

临床宏基因组学（CMg）可对血液样本中的细菌DNA进行测序，从而实现病原体的精准、快速鉴定。迄今为止，该技术成本高昂且应用受限。新技术正在改变CMg的面貌，并有望以低成本实现微生物的快速鉴定。巴茨心脏中心（BHC）是全球最大的心脏中心之一，每年管理150例IE病例。尽管IE的死亡率仍然很高——在近期发表的EuroENDO研究中为17.1%——但巴茨心脏中心的院内死亡率约为13%。Quadram研究所（QI）是一家由生物技术与生物科学研究理事会（BBSRC）资助的研究机构，在CMg方面拥有特殊专长，包括发表了两篇《自然》论文。这项纳入200名患者的研究将评估血液CMg的准确性，确定最佳采样时间及其成本效益。患者将被要求额外提供10毫升

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。