Dermomyotome来源内皮细胞迁移至背主动脉支持造血干细胞产生

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aa0d398ed1f1d178bd93b59189246180e40aa842c8708503d201792de10a4b7b7

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背主动脉的发育是建立成体造血系统的关键步骤，因为在所有已研究的脊椎动物中，造血干细胞和祖细胞（HSPCs）均起源于腹侧主动脉内皮。斑马鱼的研究工作已证明，动脉和静脉内皮前体细胞来源于侧板中胚层的不同亚群。在此，我们分析了斑马鱼胚胎发育过程中最早可检测到的内皮细胞（ECs）的转录组，以证明组织特异性EC程序启动的时间远比先前认为的要早，即在原肠胚形成结束时便已开始。鸡胚的经典研究表明，轴旁中胚层产生一部分体节来源的内皮细胞（SDECs），这些细胞整合到背主动脉中，在HSPCs离开主动脉进入循环时替代它们。我们描述了斑马鱼中一个保守的程序，其中一小群罕见的内皮前体细胞从皮肌节脱离，专门整合到……，单细胞RNA样本制备：FACS分选后，使用TC20自动细胞计数仪（Bio-Rad）测定总细胞浓度和活力。

随后，将样本重悬于含10% BSA的1×PBS中，浓度调整为每毫升800-3000个。样本加载至10X Chromium系统，并按照制造商说明（10X Genomics）进行处理。单细胞文库依据制造商说明，使用Single Cell 3’试剂盒v2（10X Genomics）制备。单细胞RNA-seq文库及条形码扩增子均在Illumina HiSeq平台上进行测序。单细胞RNA测序分析：Chromium 3’测序文库采用Chromium Single Cell 3’ Chip kit v3生成，并进行了测序（实际上，我不清楚使用了什么仪器？）。利用Illumina FASTQ文件，通过CellRanger（10X Genomics）默认参数生成过滤矩阵，并导入R环境中，使用Seurat包进行探索性分析与统计分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。