使用AlphaFold2、RoseTTAFold2和ESMFold进行离子通道结构建模

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aaa1a2d95676eb99c6fc0ab7cc6f2786a8f06e6f29b50a46e2819dc4f33576d47

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数据说明

离子通道在人体生理学中发挥关键作用，是药物发现的重要靶点。离子通道的原子尺度结构为从根本上理解通道门控和调控的分子机制提供了宝贵见解。近年来，基于深度学习的计算方法（如AlphaFold、RoseTTAFold和ESMFold）取得突破性进展，改变了蛋白质结构预测与设计领域的研究。我们以具有代表性的电压门控离子通道为例，包括人电压门控钠（NaV）通道NaV1.8、人电压门控钙（CaV）通道CaV1.1和人电压门控钾（KV）通道KV1.3，综述了AlphaFold、RoseTTAFold和ESMFold在离子通道结构建模中的应用。我们将NaV1.8、CaV1.1和KV1.3的AlphaFold、RoseTTAFold和ESMFold结构模型与相应的冷冻电镜结构进行比较，以评估其相似性和差异性的细节。我们的发现揭示了其优势与局限……，，，# 使用AlphaFold2、RoseTTAFold2和ESMFold进行离子通道的结构建模 本README文件由Vladimir Yarov-Yarovoy于2024-03-07生成。## 一般信息 1.

数据集标题：hERG通道的结构建模：使用Rosetta进行药物相互作用研究。作者信息 A. 主要研究者联系信息 姓名：Vladimir Yarov-Yarovoy 机构：加利福尼亚大学戴维斯分校 地址：美国加利福尼亚州戴维斯 电子邮件：yarovoy@ucdavis.edu 3. 数据收集日期（单日期、范围、近似日期）：2023年5月至12月 4. 数据收集地理位置：美国加利福尼亚州戴维斯 5. 支持数据收集的资助来源信息：美国国家神经疾病和中风研究所资助项目：1R61NS127285 美国国家心肺血液研究所资助项目：1R01HL159304 Natio

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。