冠状动脉疾病全血RNA测序：调节性T细胞失衡的验证队列

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE180082

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：2019年，心血管疾病全球患病率为5.23亿例，死亡人数为1860万。目前诊断冠状动脉疾病（CAD）的标准方法是冠状动脉造影。令人惊讶的是，尽管临床指征明确，但在100万例侵入性心导管检查中，高达40%的结果为“无阻塞”。本研究采用全血RNA测序，以识别临床怀疑CAD患者中的RNA特征。方法：在由96例接受择期冠状动脉导管检查的患者组成的发现组中，去除全血RNA中的核糖体RNA（rRNA），并通过RNA单分子测序（RNAseq）进行分析，以识别与CAD相关的转录本（TRACs）。比较各组间的转录本计数，以识别差异表达基因（DEGs）。结果：令人惊讶的是，98%的DEGs/TRACs在轻至重度CAD（>20%狭窄）患者中下调约1.7倍。TRACs独立于CAD的共病危险因素，如性别、高血压和吸烟。

生物信息学分析发现，FoxP1、ICOSLG、IKZF4/Eos、SMYD3、TRIM28和TCF3/E2A等转录本存在富集，这些转录本可能是调节性T细胞（Treg）的标志物，这与已知的CAD中Treg减少相一致。一个由80名患者组成的验证队列证实了整体模式（92%下调），并支持了许多与Treg相关的变化。TRACs中富集了与应激颗粒（可隔离RNA）相关的转录本，以及与纤毛和突触相关的转录本，这可能与发育中T细胞的免疫突触变化相一致。结论：这些研究确定了CAD患者中一种新的Treg样缺陷的mRNA特征，并为CAD的诊断测试提供了蓝图。变化模式与T细胞和Treg细胞成熟过程中的应激相关变化相一致，这可能是由于免疫突触的变化所致。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。