ACS患者与稳定型心绞痛患者基因表达谱差异数据集
我们采用全基因组微阵列表达谱分析作为发现平台,以识别参与斑块破裂的基因。人冠状动脉内皮细胞(ECs)在体外用急性冠脉综合征(ACS,n=8)患者或稳定型心绞痛(SA,n=4)患者冠状窦(CS)和主动脉(Ao)血浆刺激12小时

基本信息
资源简介
ACS患者与稳定型心绞痛患者基因表达谱差异数据集
PRJNA238189 数据集聚焦于急性冠脉综合征(ACS)与稳定型心绞痛(SA)患者之间的基因表达差异,旨在从转录组层面寻找与斑块破裂相关的基因。研究以人冠状动脉内皮细胞(ECs)为体外实验对象,用来自患者冠状窦(CS)和主动脉(Ao)的血浆进行刺激,通过全基因组微阵列表达谱分析比较不同来源血浆作用下内皮细胞的基因表达变化。该数据集来源于 ebi.ac.uk,在本站归入循环系统疾病 / 其他类别,其核心价值在于为理解 ACS 患者血浆环境对内皮细胞转录程序的影响提供微阵列表达谱层面的实验数据。
【数据集背景】
急性冠脉综合征与稳定型心绞痛在临床经过和病理机制上存在差异,斑块破裂是 ACS 发生发展中的关键环节。为识别参与斑块破裂的基因,该研究采用全基因组微阵列表达谱分析作为发现平台,将人冠状动脉内皮细胞置于患者血浆刺激下进行体外研究,试图从基因表达层面捕捉 ACS 与 SA 患者血浆暴露所引发的内皮细胞反应差异。这一设计将患者来源的血浆与体外内皮细胞模型结合,用于探索循环血液成分对冠状动脉内皮转录状态的影响。
【数据内容】
数据集的核心内容是内皮细胞在暴露于不同来源血浆后的基因表达谱。实验对 ACS 患者(n=8)和 SA 患者(n=4)分别采集冠状窦与主动脉血浆,并用其刺激人冠状动脉内皮细胞 12 小时。对每位患者,均比较内皮细胞在冠状窦血浆与主动脉血浆暴露下的基因表达谱。研究报道,与 SA 患者相比,ACS 患者中观察到 684 个基因上调、283 个基因下调。对具有统计学显著性的基因进行功能和网络分析显示,上调基因与 IL17 信号通路相关。为验证微阵列数据,研究还使用 RNA 进行实时 PCR 实验。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk。样本涉及 ACS 患者(n=8)与 SA 患者(n=4)的冠状窦血浆和主动脉血浆,实验材料为人冠状动脉内皮细胞,刺激时间为 12 小时。基因表达谱通过微阵列技术获取,并以实时 PCR 对微阵列数据进行验证。除上述信息外,源站未提供更详细的采集地点、时间范围及伦理审批等信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究 ACS 与 SA 患者血浆暴露对冠状动脉内皮细胞基因表达的影响,可用于关注斑块破裂相关基因、内皮细胞转录反应以及 IL17 信号通路在 ACS 背景下作用的研究场景。也可作为微阵列表达谱分析与实时 PCR 验证相结合的方法学参考。由于涉及患者来源血浆的体外刺激实验,其数据适合用于假设发现和机制探索,而非直接的临床诊断应用。
【使用方法】
使用时可围绕 ACS 与 SA 两组患者的内皮细胞表达谱进行比较分析,关注报道的 684 个上调基因和 283 个下调基因,并结合功能与网络分析结果考察与 IL17 信号通路相关的上调基因。对每位患者,可比较冠状窦血浆与主动脉血浆暴露下内皮细胞的表达差异。微阵列结果可参照研究中实时 PCR 验证的思路进行确认。源站未提供具体的数据访问路径、文件格式和处理流程说明。
【质量与限制】
该研究的样本量较小,ACS 患者为 8 例、SA 患者为 4 例,可能影响统计效能与结果的稳健性。实验为体外内皮细胞受血浆刺激 12 小时的微阵列分析,不能完全代表体内复杂的病理环境。虽然研究使用实时 PCR 对微阵列数据进行了验证,但源站未提供更全面的质量控制指标、批次效应处理或独立队列验证信息。此外,源站描述在末尾处不完整,部分细节未予呈现。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA238189
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们采用全基因组微阵列表达谱分析作为发现平台,以识别参与斑块破裂的基因。将人冠状动脉内皮细胞(ECs)在体外分别用急性冠脉综合征(ACS)患者(n=8)或稳定型心绞痛(SA)患者(n=4)冠状窦(CS)和主动脉(Ao)血浆刺激12小时。对每位患者,通过微阵列技术评估暴露于CS血浆的内皮细胞基因表达谱,并与暴露于Ao血浆的内皮细胞进行比较。在ACS患者中,与SA患者相比,我们观察到684个基因上调、283个基因下调。对具有统计学显著性的基因进行功能和网络分析显示,上调基因与IL17信号通路相关。为验证微阵列数据,使用RNA进行实时PCR实验。总体设计:将人冠状动脉内皮细胞(ECs)在体外分别用ACS患者(n=8)或稳定型心绞痛(SA)患者(n=4)冠状窦(CS)和主动脉(Ao)血浆刺激12小时。
对于每位患者,通过微阵列技术评估了暴露于CS血浆的内皮细胞的基因表达谱,并将其与暴露于Ao血浆的内皮细胞的基因表达谱进行比较。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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