GATA4遗传变异致先天性膈疝机械压迫引起肺发育不良

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE324576

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

先天性膈疝（CDH）是一种常见且严重的结构畸形，其高发病率和死亡率由肺发育不全和肺动脉高压引起。在30%的CDH患者中已鉴定出遗传变异，这些变异与发病率和死亡率增加相关，但这些变异如何影响肺和肺血管缺陷的严重程度尚不清楚。8p23.1缺失占病例的3-5%，该区域包含GATA4，这是一种在发育中的胚胎中指导基因表达的转录因子。GATA4单倍剂量不足的CDH患者死亡率高，并伴有严重的肺发育不全和肺动脉高压。鉴于这些信息，我们的目标是阐明GATA4在肺和肺血管发育中的作用。我们构建了肺特异性Gata4敲除小鼠，发现GATA4在肺或肺血管发育过程中并非必需。然而，膈肌特异性Gata4失活小鼠（Gata4 D-CKO）在出生后因膈肌形成异常和肺发育不全而死亡，因此我们将重点放在胚胎发育的最后阶段。

我们在胚胎第18天（E18）获取了全肺RNA，这是Gata4 D-CKO小鼠因出生后早期死亡而能取样的最晚阶段。我们对对照组胚胎（称为Gata4 D-control，Prx1Cre;Gata4F/+）和膈肌特异性Gata4失活胚胎（称为Gata4 D-CKO，Prx1Cre;Gata4F/D）进行了bulk RNA测序。在该bulk RNA测序数据集中，包含E18期Gata4 D-control和D-CKO全肺的表达数据，提示参与细胞周期和马达蛋白通路的基因表达异常。胚胎肺的机械压迫还与机械感觉蛋白YAP1磷酸化增加相关，从而导致细胞周期减少。我们的数据表明，CDH合并GATA4单倍剂量不足患者的肺及肺血管表型是由机械压迫所致。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。