肺间充质特异性敲除Pbx转录因子小鼠肺转录组分析
该数据集来自omicsdi.org，为小鼠肺转录组分析数据，研究对象是肺间充质特异性敲除Pbx1和Pbx2转录因子的条件性敲除小鼠
基本信息
资源简介
肺间充质特异性敲除Pbx转录因子小鼠肺转录组分析
该数据集为小鼠肺转录组分析数据，研究对象是肺间充质特异性敲除Pbx1和Pbx2转录因子的条件性敲除小鼠。数据集英文名称为“Lung transcriptome analysis of mice with lung mesechyme specific deletion of Pbx transcription factors”，在来源站分类中归入循环系统疾病 / 其他，主题标签为Transcriptomics，数据来源于omicsdi.org。围绕肺泡发育与肺血管发育这一研究背景，该数据集通过转录组层面的分析，服务于对Pbx转录因子在肺间充质中作用机制的理解，尤其关注肺泡生成失败及与之相关的肺血管功能异常。以下依据可获得的信息，从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。
【数据集背景】
正常从胎儿期过渡到宫外生活需要两个关键事件：一是肺泡发育，使肺能够进行有效的气体交换；二是肺血管平滑肌的舒张。先天性膈疝（CDH）患者存在肺和肺血管发育异常，表现为肺发育不全与肺动脉高压的致命组合。为更好地理解肺和肺血管发育与功能异常的机制，研究者构建了Pbx1/2条件性敲除小鼠，使肺间充质中缺乏Pbx1和Pbx2的表达。此前已表明Pbx1是正常膈肌发育所必需的，但其在肺泡生成中的作用以及导致肺动脉高压的机制尚未被研究。研究发现Pbx1/2条件性敲除小鼠存在肺泡生成失败。该数据集即在这一研究背景下产生，用于从转录组角度刻画相关小鼠模型的肺部基因表达特征。
【数据内容】
该数据集属于转录组学数据，主题标签为Transcriptomics，研究对象为肺间充质特异性敲除Pbx1和Pbx2转录因子的条件性敲除小鼠的肺组织。数据集英文名称明确指向“小鼠肺转录组分析”。关于样本数量、测序平台、 reads 长度、基因表达矩阵的具体格式、差异表达基因列表、注释版本等具体内容，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org，在来源站的分类为循环系统疾病 / 其他。其研究对象为经基因修饰的小鼠模型，即肺间充质特异性缺失Pbx1和Pbx2的条件性敲除小鼠。关于样本采集的具体时间点、组织处理方式、RNA提取方法、建库与测序策略、实验重复设置等采集细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于探讨Pbx1和Pbx2在肺间充质中的作用，特别是与肺泡生成失败相关的转录组变化；也可用于围绕先天性膈疝相关肺发育不全与肺动脉高压机制开展比较性分析或假设生成。由于主题标签为Transcriptomics，其典型用途包括肺组织转录组表达谱的查看、基因表达层面的模式比较，以及为后续实验验证提供候选基因线索。关于该数据集是否适用于其他物种、其他组织或临床样本分析，源站未提供。
【使用方法】
该数据集为转录组分析数据，使用时应结合其研究对象——肺间充质特异性Pbx1/2条件性敲除小鼠的肺组织——进行解读。具体的数据下载方式、文件组织格式、分析流程、标准化方法及配套代码等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于小鼠条件性敲除模型，研究结论的外推需考虑物种与模型特异性。源站描述在“We found that Pbx1/2 CKO mice have failure of alveologenesis and”处中断，后续内容未完整给出，因此与该数据集相关的完整研究发现表述受限。关于数据质量指标、测序深度、重复数、批次效应评估及验证实验等信息，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、原始文献、作者列表、发表期刊以及数据使用许可条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE106399
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
从胎儿向宫外生活正常过渡所需的两大关键事件是：肺泡的发育，使得肺部能够进行有效的气体交换；以及肺血管平滑肌的松弛。先天性膈疝（CDH）患者的肺和肺血管发育异常，导致肺发育不全和肺动脉高压的致命组合。为了更好地理解导致肺和肺血管发育及功能异常的机制，我们构建了Pbx1/2条件性敲除小鼠，这些小鼠的肺间充质中缺乏Pbx1和Pbx2的表达。先前已证明Pbx1是正常膈肌发育所必需的，但其在肺泡发生中的作用以及导致肺动脉高压的机制尚未被研究。我们发现，Pbx1/2条件性敲除小鼠存在肺泡发生障碍，并在2至3周龄时死于严重的肺动脉高压。
为了更好地理解由Pbx1/2缺失引起的下游基因调控异常，并鉴定其潜在的转录靶点，我们对Pbx1/2条件性敲除（CKO）小鼠和对照小鼠进行了转录谱分析，时间点从出生后第3天（P3）开始——此时组织学表型首次显现——然后回溯至出生时（P0）以及胚胎第14天（E14），即肺血管平滑肌发育的时期。该数据集包含从Pbx1/2 CKO和对照小鼠解剖的胚胎期及出生早期肺组织获得的表达数据。Pbx1/2 CKO小鼠为Pbx2纯合缺失，同时在肺间充质中由Tbx4 Cre介导的条件性Pbx1缺失（Tbx4 Cre/野生型；Pbx1 flox/flox；Pbx2 delta/delta）。对照小鼠为Pbx2纯合缺失，且在肺间充质中Pbx1为杂合（Tbx4 Cre/野生型；Pbx1 flox/野生型；Pbx2 delta/delta）。这些数据用于鉴定肺中PBX转录调控的转录靶点和下游效应因子。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
