左心房分割挑战赛 2013：MRI 测试集

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Left Atrial Segmentation Challenge 2013: MRI testing
• DOI：10.6084/m9.figshare.1492989.v1
• 发布日期：2015-08-05
• 文件数：20 个
• 文件总体积：339.20 MB
• 源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/Left_Atrial_Segmentation_Challenge_2013_MRI_testing/1492989

命令行下载

curl -L -o "b001.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/3376958"
curl -L -o "b002.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/2188113"
curl -L -o "b003.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/2188117"
curl -L -o "b004.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/2188120"
curl -L -o "b005.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/2188123"
curl -L -o "b006.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/2188133"
curl -L -o "b007.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/2188135"
curl -L -o "b008.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/2188136"

文件清单

• b001.zip（45.92 MB）
• b002.zip（16.58 MB）
• b003.zip（15.41 MB）
• b004.zip（12.92 MB）
• b005.zip（14.49 MB）
• b006.zip（43.01 MB）
• b007.zip（16.04 MB）
• b008.zip（13.85 MB）
• b009.zip（11.83 MB）
• b010.zip（14.41 MB）
• b011.zip（14.46 MB）
• b012.zip（17.38 MB）
• b013.zip（14.37 MB）
• b014.zip（16.10 MB）
• b015.zip（11.23 MB）
• b016.zip（9.53 MB）
• b017.zip（14.41 MB）
• b018.zip（13.93 MB）
• b019.zip（11.49 MB）
• b020.zip（11.86 MB）

文件总体积 339.20 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

本文件集与2013年左心房分割挑战赛（LASC’13）相关。LASC’13是STACOM’13研讨会的一部分，与MICCAI’13同期举办。共有来自七个国际研究团队的11种算法参加了此次挑战赛。

详细报告请参阅：

Tobon-Gomez C, Geers AJ, Peters, J, Weese J, Pinto K, Karim R, Ammar M, Daoudi A, Margeta J, Sandoval Z, Stender B, Zheng Y, Zuluaga, MA, Betancur J, Ayache N, Chikh MA, Dillenseger J-L, Kelm BM, Mahmoudi S, Ourselin S, Schlaefer A, Schaeffter T, Razavi R, Rhode KS. Benchmark for Algorithms Segmenting the Left Atrium From 3D CT and MRI Datasets. IEEE Transactions on Medical Imaging, 34(7):1460–1473, 2015.
该挑战赛的相关信息亦发布于 http://www.cardiacatlas.org/challenges/left-atrium-segmentation-challenge/

挑战赛的数据与代码已公开，可作为左心房分割算法的基准。代码托管于 https://github.com/catactg/lasc

如有任何问题，欢迎与我们联系。

本文件集包含20个用于测试分割算法的MRI数据集。其中包括真实分割结果和用于标准化的辅助文件。

clippointid1.csv：clvein1.vtp上用于裁剪PV1的PointID

clippointid2.csv：clvein2.vtp上用于裁剪PV2的PointID

clippointid3.csv：clvein3.vtp上用于裁剪PV3的PointID

clippointid4.csv：clvein4.vtp上用于裁剪PV4的PointID

clvein1.vtp：PV1的中心线

clvein2.vtp：PV2的中心线

clvein3.vtp：PV3的中心线

clvein4.vtp：PV4的中心线

gt_noclip_mesh.vtp：从gt_noclip.mhd提取的表面网格

gt_noclip.mhd + gt_noclip.zraw：GT的标记图像表示

gt_std_mesh.vtp：标准化后的表面网格

gt_std.mhd + gt_std.zraw：GT的图像表示，其标签复制自gt_std_mesh.vtp

image.mhd + image.raw：待分割图像

mitralplane.csv：描述二尖瓣平面位置的点、法线和insideout标志

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.1492989.v1（source: https://figshare.com/articles/dataset/Left_Atrial_Segmentation_Challenge_2013_MRI_testing/1492989）。