整合SWATH-MS蛋白质组学与转录组分析鉴定三个DEGs作为增殖性糖尿病视网膜病变生物标志物
该数据集来自omicsdi.org，主题为蛋白质组学，聚焦增殖性糖尿病视网膜病变（PDR）的生物标志物筛选。研究整合SWATH-MS蛋白质组学与转录组分析，结合公共数据库分析，鉴定出血浆FCGR3A、DPEP2和ADGRF5三个差异表达基因作为PDR的潜在生物标志物
基本信息
资源简介
整合SWATH-MS蛋白质组学与转录组分析鉴定三个DEGs作为增殖性糖尿病视网膜病变生物标志物
该数据集英文名称为“Integrating SWATH-MS Proteomics and Transcriptome Analysis Identifies Three DEGs as Biomarkers for Proliferative Diabetic Retinopathy”，运行短标题为“Three Biomarkers for PDR”，来源于omicsdi.org，在本站归类于循环系统疾病／其他类别，主题标签为蛋白质组学。数据集聚焦增殖性糖尿病视网膜病变（PDR）的生物标志物筛选，研究整合SWATH-MS蛋白质组学与转录组分析，并结合公共数据库分析，鉴定出血浆FCGR3A、DPEP2和ADGRF5三个差异表达基因作为PDR的潜在生物标志物。源站描述指出，尽管对高血糖、高脂血症和高血压等危险因素的管理已被证明可改善糖尿病引起的视力丧失，但预防PDR的有效无创医学疗法仍是尚未满足的临床需求；该研究旨在寻找在增殖性糖尿病视网膜病变中发挥关键作用的差异表达蛋白质，并提供了一种结合近期质谱技术与公共数据库分析的新型生物标志物筛选策略。
【数据集背景】
增殖性糖尿病视网膜病变是糖尿病引起的视力损害的重要临床问题。源站描述提到，对高血糖、高脂血症和高血压等危险因素的管理已被证明可改善糖尿病引起的视力丧失，但预防PDR的有效无创医学疗法仍属于尚未满足的临床需求。识别疾病的关键分子对于开发新的治疗分子以及拓展现有药物的新用途至关重要。在此背景下，该数据集所对应的研究致力于寻找在增殖性糖尿病视网膜病变中发挥关键作用的差异表达蛋白质，并探索可用于患者识别的潜在生物标志物。
【数据内容】
该数据集的主题为蛋白质组学，核心内容围绕增殖性糖尿病视网膜病变的生物标志物筛选展开。研究整合SWATH-MS蛋白质组学与转录组分析，并结合公共数据库分析，鉴定出血浆FCGR3A、DPEP2和ADGRF5三个差异表达基因，作为PDR的潜在生物标志物。数据集英文名称本身即概括了这一核心发现，即通过整合SWATH-MS蛋白质组学与转录组分析鉴定出三个差异表达基因作为增殖性糖尿病视网膜病变的生物标志物。除上述三个标志物及研究方法组合外，源站未提供关于样本数量、蛋白或基因列表规模、数据文件类型与数量的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。依据源站描述，研究工作采用了一种新的生物标志物筛选策略，将近期质谱技术与公共数据库分析相结合，并在此基础上识别出血浆FCGR3A、DPEP2和ADGRF5作为PDR患者的潜在生物标志物。关于样本采集地点、采集时间、受试者纳入排除标准、伦理审批信息以及原始数据的具体产生平台参数，源站未提供。
【适用场景】
基于该数据集的主题与内容，其适用场景包括：增殖性糖尿病视网膜病变潜在生物标志物的检索与比较；SWATH-MS蛋白质组学与转录组分析整合策略的参考；公共数据库分析在生物标志物筛选中的应用参考；以及围绕FCGR3A、DPEP2和ADGRF5三个差异表达基因开展的血浆标志物相关研究。源站描述强调，识别疾病关键分子对于开发新治疗分子和现有药物新用途具有重要意义，因此该数据集亦可为相关转化研究提供线索。除上述方向外，源站未提供更具体的适用场景说明。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据访问方式、文件组织格式、分析流程参数与复现步骤等。
【质量与限制】
源站描述将FCGR3A、DPEP2和ADGRF5表述为PDR的“潜在生物标志物”，并指出该研究提供了一种新的生物标志物筛选策略。关于数据质量评估指标、样本量、验证队列、统计显著性阈值以及研究局限性，源站未提供。使用时应以源站描述中的“潜在”定位为准，不宜将其视为已确立的临床诊断标志物。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/iprox/PXD028227
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
尽管已有研究表明，对高血糖、高脂血症和高血压等危险因素的管理能够改善糖尿病所致的视力丧失，但用于预防增殖性糖尿病视网膜病变（PDR）的有效无创药物治疗仍是尚未满足的临床需求。我们旨在寻找在增殖性糖尿病视网膜病变中发挥关键作用的差异表达蛋白。我们提供了一种新的生物标志物筛选策略，将近期质谱技术与公共数据库分析相结合，并鉴定出血浆FCGR3A、DPEP2和ADGRF5可作为PDR患者的潜在生物标志物。识别疾病的关键分子对于开发新的治疗分子以及拓展现有药物的新用途至关重要。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
