GSE51483：心脏发生转录图谱映射先天性心脏病互作组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE51483

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

哺乳动物心脏发育建立在高度保守的分子机制之上，多基因扰动可导致一系列先天性心脏病（CHD）。然而，调控正常心脏发生的成心个体发育转录图谱在很大程度上仍基于候选基因方法。在此，我们设计了一项时间进程转录组分析，以研究从胚胎干细胞到成体心脏结构的先天性小鼠心脏发生的全基因组表达谱。这项综合分析生成了时间和空间表达谱，优先确定了阶段特异性基因功能，并将心脏发生的动态转录组映射到精选通路。结合先天性心脏病相互作用组的生物信息学，我们解构了该心脏发生图谱中编码的以疾病为中心的调控网络，揭示了聚集于上皮-间质转化（EMT）、BMP调控、NF-AT信号传导、TGFb依赖性诱导和Notch信号传导的阶段特异性发育紊乱。

因此，这种心源性转录图谱界定了心脏个体发育的时间依赖性表达，并优先关注健康与疾病交界处的调控网络。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。