青光眼与高眼压来源视神经乳头全局基因表达模式研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE45570

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：视神经乳头（ONH）可能是青光眼患眼初始损伤的部位。尽管已认识到眼压升高（IOP）是青光眼发生的主要危险因素，但眼压持续升高的高眼压症（OHT）患眼并未出现ONH损伤。本研究旨在识别青光眼ONH中的全局基因表达变异及其与OHT来源ONH中所识别变异的关系，以增进对IOP诱导的ONH损伤的理解。方法：从临床确诊的青光眼、OHT及年龄匹配的对照供体眼中共采集ONH（N=6）。从ONH提取的总RNA经逆转录后，使用Affymetrix Human Exon 1.0 ST芯片进行检测。采用方差分析（ANOVA），以1.25倍变化限值和P值<0.05为标准，识别青光眼与对照及OHT来源ONH中的差异表达基因。进行定量RT-PCR以验证选定的差异表达基因。

结果：微阵列分析显示，与对照视神经乳头相比，原发性开角型青光眼（POAG）视神经乳头中有149个基因表达下调，其中许多基因参与离子转运、轴突生成和大分子分解代谢过程。在高眼压（OHT）来源的视神经乳头与青光眼来源的视神经乳头比较中，有297个基因表达上调。氧化还原和化学稳态的介质是所识别的最主要基因群之一。qRT-PCR证实了青光眼视神经乳头中前列腺素内过氧化物合酶2、整合素β样1和纤连蛋白5的表达上调。结论：我们的数据表明青光眼视神经乳头中整体基因表达模式发生显著改变，可能由广泛的组织损伤所致。观察到的青光眼和高眼压来源视神经乳头中若干差异表达基因的重叠，提示对眼压升高的反应中存在共同机制的诱导。某些基因群在高眼压而非青光眼来源视神经乳头中的优先过表达，可能提供针对眼压诱导的视神经乳头损伤的保护作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。