人类原肠胚后胚胎单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE325829

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

全面的人类早期胚胎发育基因表达时空图谱对于深入理解胚胎发生、器官发生及疾病起源至关重要。借助Stereo-seq技术，我们构建了来自13个完整人类胚胎（卡内基分期12至23期）的77个矢状切面的空间转录组图谱，并结合单核RNA测序，阐明了特定细胞背景下的基因表达模式，揭示了驱动器官特异性分化的细胞异质性。我们的研究建立了50个器官和198个亚结构发育的调控图谱，并鉴定了潜在的组织身份调控因子。值得注意的是，该研究揭示了心脏和大脑发育中此前未被表征的基因功能。该图谱不仅证实并完善了当前对人类器官发育的理解，还突出了易受病毒感染和遗传疾病影响的关键器官。此外，我们还表征了不同发育阶段特定器官内的等位基因表达。

这项工作呈现了一项突破性的汇编，涵盖了每个空间界定细胞群体的全基因组基因表达谱，这些表达谱可通过空间展示胚胎转录景观的方式可视化。这些结果提供了迄今为止对人类器官发生时空转录组动态最为详尽的描绘。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。