GSE322766：谱系与器官信号依次构建器官内在神经系统[空间转录组学]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE322766

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

器官内在神经系统（OINSs）是身体—大脑轴的关键组成部分，协调内脏器官功能与全身生理调控。尽管其重要性不言而喻，但这些独特的神经架构如何从共同的神经嵴细胞（NCC）起源中产生，仍不清楚。在此，我们呈现了一项系统层面的、跨器官的OINS发育分析，整合了谱系追踪、三维成像、单细胞转录组学以及心脏、胰腺、肠道和肺中的遗传扰动。我们表明，NCC迁移轨迹的差异预先决定了OINSs的空间架构，为器官特异性模式形成奠定了基础。相比之下，分子身份在很大程度上是响应局部环境而产生的，表明外在线索发挥着主要的指导作用。利用体外共培养，我们证明器官来源的线索将内在神经元重编程为器官特异性转录谱并指导神经元分化，其中细胞外基质（ECM）接触被确定为中枢介质。

在体内，ECM–整合素信号支持内在心脏神经元的神经发生，而ECM交联则稳定其刻板的神经节组织。总之，这些发现揭示OINS多样性通过双重逻辑产生：谱系程序预先设定空间框架，而器官特异性线索指导最终的分子身份和结构精确性。这项工作为器官如何主动构建自身神经系统建立了一个概念范式，阐明了支撑身体–大脑整合的原理。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。