TGFβ缺陷心肌细胞心脏的微阵列分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE298103

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转化生长因子β（TGFβ）是一种分泌型生长因子，在早期发育阶段由心肌细胞产生，并作用于成纤维细胞，驱动其分化和进入分化状态以合成细胞外基质（ECM）及基质细胞蛋白。这些产物反过来通过细胞-细胞相互作用、ECM-细胞相互作用及旁分泌因子影响心肌细胞的成熟。在基因修饰小鼠品系中，于早期发育阶段从心肌细胞中敲除Tgfb1、Tgfb2、Tgfb3基因（TGFβ配体），发现小鼠在6周龄时出现心脏功能障碍。这表明心肌细胞产生的TGFβ配体在心脏发育和功能中具有明确作用。本微阵列项目的目标是对心肌细胞缺乏TGFβ配体产生的心脏进行转录谱分析。为了对包含TGFβ信号缺陷心肌细胞的心脏进行转录谱分析，培育了基因修饰小鼠品系，其中编码TGFβ配体的基因可通过Cre重组酶依赖的方式在心肌细胞中被特异性敲除。

这是通过使用aMHC-Cre转基因品系实现的，其中Cre重组酶在aMHC启动子驱动下于心肌细胞中特异性表达[PMID: 9202069]。从6周龄的对照小鼠[aMHC-Cre转基因]和突变小鼠[敲除TGFb 2和3的双敲除(DKO)小鼠以及敲除TGFb 1、2和3的三敲除(TKO)小鼠]中采集完整心脏。在基因表达核心设施(CCHMC)使用Affymetrix Cariom S平台对这些心脏的生物学重复样本提取的总RNA进行微阵列分析。通过使用Transcriptome Analysis Console 9对CEL文件进行生物信息学分析来确定差异基因表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。