Tbx4缺失影响出生后肺发育并易患肺动脉高压

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289897

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

肺动脉高压（PAH）是一种进行性血管疾病，以毛细血管前肺动脉的重构为特征。T-box 4（TBX4）转录因子的基因组变异是PAH第二常见的遗传病因，也可导致伴有新生儿PH的严重肺发育障碍。目前，TBX4功能缺失对肺发育后期阶段及包括PH在内的肺部疾病易感性的影响尚不明确。因此，我们构建了Tbx4条件性敲除（Tbx4-CKO）小鼠，其中Cre重组酶在胚胎肺间充质内删除Tbx4第5外显子，从而产生无效等位基因。我们在不同时间点采集这些小鼠的肺组织，与对照肺相比，检查肺泡生成、血管化、血管重构、肺细胞组成以及转录活性的破坏。在六月龄小鼠中测量右心室收缩压（RVSP）以评估PH。Tbx4-CKO肺显示气腔扩大，经平均线性截距增加所证实，在P14（24.9%）、P36（31.5%）和P180（49.6%）时分别增加。

这些肺组织还显示von Willebrand因子阳性血管减少39.3%，血管壁厚度增加14.2%。与这些结果一致，Tbx4-CKO小鼠的RVSP显著增加15.7%，Fulton指数增加16.3%。Bulk-RNA测序分析显示，与肺泡生成、血管生成和PH相关的通路和基因富集。我们的结果表明，在早期肺发育过程中破坏Tbx4表达足以扰乱出生后的肺发育和循环。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。