先天性心脏病神经发育与行为缺陷 [EMX-cre RNAseq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE283526

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

左心发育不良综合征（HLHS）是一种严重的先天性心脏病，与头小畸形和神经发育不良相关。在此，我们展示Ohia HLHS小鼠模型——其Sap130（一种染色质修饰因子）和Pcdha9（一种细胞粘附蛋白）存在突变——同样表现出头小畸形，伴随有丝分裂阻滞和凋亡增加，导致皮层神经发生受损。转录组分析、DNA甲基化及Sap130 ChIPseq分析均显示，与神经发生、认知障碍及自闭症相关的基因表达失调。这涉及REST对神经发生转录调控的干扰、调节突触可塑性的CREB信号通路破坏，以及影响脑血流的神经血管耦合缺陷。携带Pcdha9突变（脑解剖结构正常）或通过Emx1-Cre在前脑特异性删除Sap130（表现为头小畸形）的成年小鼠，均表现出学习记忆缺陷和类似自闭症的行为。这些新发现提供了机制性见解，表明HLHS中的不良神经发育可能涉及细胞自主/非自主缺陷及表观遗传失调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。