对照与四氯化碳处理小鼠心脏成纤维细胞转录组测序
该数据集为对照与四氯化碳处理小鼠心脏成纤维细胞的转录组测序数据,来源于NCBI GEO,包含1个文件(GSE277073_series_matrix.txt.gz),主题标签涉及高通量测序表达谱分析

基本信息
资源简介
对照与四氯化碳处理小鼠心脏成纤维细胞转录组测序
GSE277073 是一套针对小鼠心脏成纤维细胞的转录组测序数据集,英文全称为 Transcriptome sequencing of cardiac fibroblasts from control and carbon tetrachloride-treated mice,即对照与四氯化碳处理小鼠心脏成纤维细胞的转录组测序。该数据集来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),在本站归入循环系统疾病 / 其他分类,共包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE277073_series_matrix.txt.gz。其主题标签涉及高通量测序表达谱分析,并标注了 GPL24247 平台与 10090 物种信息,作者为 He 与 Sun,发布时间为 Sep 12 202。整体而言,该数据集围绕肝脏病理状态与心脏改变之间的关联,提供了对照与四氯化碳处理条件下心脏成纤维细胞的表达谱数据,可供相关研究参考使用。
【数据集背景】
源站描述指出,心脏与包括肝脏在内的多种器官存在关联,在病理条件下尤为明显。临床实践中观察到,部分肝硬化患者伴有心脏纤维化和心功能下降,这一现象影响患者预后,具有研究意义。四氯化碳是常用的肝损伤造模试剂,该数据集以四氯化碳处理小鼠与对照小鼠为对象,对心脏成纤维细胞进行转录组测序,从心脏成纤维细胞这一角度切入,为理解肝病条件下心脏纤维化相关改变提供了表达谱层面的数据基础。
【数据内容】
该数据集的内容为对照与四氯化碳处理小鼠心脏成纤维细胞的转录组测序结果,属于表达谱分析数据。数据集共包含 1 个文件,样例文件名为 GSE277073_series_matrix.txt.gz,采用 GZIP 压缩格式。主题标签显示其属于 Expression profiling by high throughput sequencing,并涉及 GPL24247 平台与 10090(小鼠)物种。数据以系列矩阵文件的形式组织,通常用于汇总样本层面的表达信息。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI GEO,源站网址为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题与数据集英文名一致。作者为 He 与 Sun,发布时间为 Sep 12 202。样本涉及对照小鼠与四氯化碳处理小鼠的心脏成纤维细胞,测序策略为高通量测序表达谱分析。关于具体的样本数量、测序深度、建库方法、动物品系与处理剂量等信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与心脏成纤维细胞转录组相关的研究场景,例如比较对照与四氯化碳处理条件下心脏成纤维细胞表达谱的差异,探讨肝损伤背景下心脏纤维化相关基因表达变化,以及作为高通量测序表达谱分析的参考数据。其分类归属循环系统疾病 / 其他,也可为循环系统疾病与肝脏疾病交叉方向的研究提供数据支持。具体分析用途需结合数据实际内容确定,源站未提供针对性的分析结论。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE277073_series_matrix.txt.gz,按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以保证后续处理的准确性。由于数据集仅包含 1 个系列矩阵文件,读取后可按样本分组信息组织数据,开展表达谱层面的比较分析。关于矩阵文件内具体字段含义与注释信息,源站未提供进一步说明。
【质量与限制】
该数据集文件数量为 1,数据规模相对有限,使用前应核对文件完整性与字段编码。源站未提供样本量、测序质量指标、重复设置、归一化方法及批次信息等质量相关细节,因此无法对数据质量作出具体评价。此外,源站未提供数据的具体分析结论与验证结果,使用时需结合研究目的自行评估适用性。
【引用与许可】
该数据集的作者为 He 与 Sun,来源于 NCBI GEO。关于具体的引用格式、发表文献信息以及数据使用许可条款,源站未提供,使用与再分发前应查阅源站页面获取相应说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE277073
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
心脏与多种器官相关联,包括肝脏,尤其是在病理条件下。在临床实践中,已观察到一些肝硬化患者伴有心脏纤维化和心功能下降,这影响患者的预后并具有研究意义。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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