雄性小鼠额叶皮层对社会与代谢应激高敏感性的转录谱分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE233225

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性心理社会和代谢应激源破坏情感状态，并驱动频繁共病的情绪与心血管代谢障碍。然而，情绪和代谢稳态失调的中枢机制尚待明确。本研究探索了慢性社会和代谢应激对行为和全转录组的影响（在雄性C57Bl/6小鼠中检验共享和独特的机制主题，这些小鼠接受：慢性社会应激（CSS）——社会隔离7周+最后20天每日两次社会对抗；2型糖尿病（T2D）——75 mg.kg-1链脲佐菌素/21周高脂饮食（43.2%千卡来自脂肪）；或对照条件）。通过RNAseq（Illumina NovaSeq 6000测序系统，每样本2x107双端 reads）对额叶皮层（FC）进行分析。CSS诱导了焦虑样行为及快感缺失（蔗糖偏好降低），并伴有相对体重减轻。T2D小鼠表现出焦虑样行为（开阔场中运动减少和趋触性），伴有轻度（+20-30%）体重增加和高血糖，以及空腹胰岛素和胰岛素抵抗（HOMA-IR）升高65-80%。

FC转录组对CSS尤为敏感，在检测到的15,097个基因中，有640个差异表达基因（DEGs）（316个下调/324个上调）（FDR<0.05，P<0.001）。基因集富集分析（GSEA）识别出222个对CSS敏感的生物过程和25条Reactome通路。最显著的主题集中在上调：生长/重塑（轴突发生、上皮生长/形态发生、血管生成、细胞连接、突触和ECM组织、脑/肢/心/腺/眼发育）、Ras信号和生长因子响应基因；以及下调：ATP代谢、线粒体和RNA加工通路。相比之下，FC转录组对代谢应激相对不敏感，然而使用较不保守的标准（FDR<0.10，未校正）识别出107个DEGs（71个下调/36个上调）和187个生物过程/5条Reactome通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。