GSE219154：NSAID诱导荨麻疹/血管性水肿患者阿司匹林脱敏的转录组与代谢组特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE219154

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数据说明

背景：关于非甾体抗炎药（NSAID）诱发的荨麻疹/血管性水肿（NIUA）患者阿司匹林脱敏机制的数据有限。目的：表征接受阿司匹林脱敏的NIUA患者的转录组学和代谢组学特征。方法：从因冠状动脉疾病接受阿司匹林脱敏的NIUA患者及NSAID耐受对照者的血液中分离外周血单核细胞（PBMCs）和血浆。从PBMCs中分离RNA，并进行mRNA和lncRNA测序。使用半靶向代谢组学面板通过LC-MS/MS分析血浆样本的代谢物变化。结果：共招募11例NIUA患者和10名健康对照者。脱敏前后以及健康对照与脱敏后的mRNA基因谱无显著差异。然而，我们鉴定出阿司匹林脱敏前患者与对照者之间有739个mRNA和888个lncRNA差异表达。使用机器学习算法训练了一个12-mRNA基因特征，以区分对照、给药后和给药前样本。

Ingenuity Pathway Analysis识别出5条在阿司匹林脱敏前样本中显著富集的经典通路。白细胞介素（IL）-22是上调最显著的通路。为探究差异表达lncRNA对mRNA的潜在调控作用，在IL-22通路中有9个lncRNA和12个mRNA的表达模式呈显著相关。为验证转录组学数据，采用ELISA法检测受试者血浆样本中的IL-22。与对照组相比，阿司匹林脱敏前患者的IL-22显著升高。与此同时，代谢组学分析显示阿司匹林脱敏前患者与健康对照者的血浆谱存在显著差异。特别是，阿司匹林脱敏前患者中2-羟基苯甲酸（水杨酸）显著降低

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。