人类冠状动脉染色质可及性图谱及疾病调控变异数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE188422

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

冠状动脉疾病（CAD）是一种复杂的血管壁炎症性疾病，常导致心肌梗死。全基因组关联研究（GWAS）目前已识别出200多个与CAD相关的遗传位点。大多数CAD相关变异位于基因组非编码区，其中许多被预测可调控染色质可及性和基因表达。在本研究中，我们对人类冠状动脉患者样本进行了ATAC-seq，以识别新的染色质可及性数量性状位点（caQTLs），并进一步深入了解体内CAD的调控机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。