GSE166780：基因表达分析提示外周血单核细胞在冠状动脉疾病进展中的免疫学变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE166780

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数据说明

目的：通过转录组测序分析不同阶段冠状动脉疾病（CAD）患者外周血单核细胞的基因表达谱，探讨参与CAD发病的潜在基因和通路。方法：根据冠状动脉造影筛查和血样质量控制，选取8例冠状动脉中度病变患者，然后按年龄和性别匹配8例急性心肌梗死患者和8例冠状动脉造影正常患者。采用Illumina HiSeq高通量平台对这24份样本的外周血单核细胞进行转录组测序。然后分析差异表达基因（DEGs）。应用基因本体论（GO）功能注释、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路注释和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络来注释DEGs的潜在功能。结果：与冠状动脉造影正常组相比，我们在冠状动脉中度病变组中共鉴定出169个DEGs，这些基因显著富集于59个GO条目和17条KEGG通路。

与正常冠状动脉造影组相比，我们在急性心肌梗死组中共发现2028个差异表达基因（DEGs），这些基因显著富集于311个GO条目和20条KEGG通路中。正常组与中度冠状动脉病变组、正常组与急性心肌梗死组之间的交叉比较共包含98个差异基因，其中65个上调、33个下调，这些基因显著富集于46个GO条目和10条KEGG通路中。在冠心病（CAD）进展过程中，CSF3、IL-1A、CCR7和IL-18的表达显著上调，MAPK14的表达显著下调。除炎症反应等GO条目显著富集外，KEGG分析显示最显著的富集通路为IL-17信号通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用。结论：转录组学

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。