GSE165924：多冠状动脉疾病位点CRISPR扰动损害血管内皮细胞功能[RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE165924

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

全基因组关联研究已识别出161个与冠状动脉疾病(CAD)相关的遗传变异，但大多数基因座的因果基因和生物学通路仍不清楚。这一知识对于优化精准医学策略和开发CAD新药至关重要。在此，我们进行了多项混合CRISPR筛选，以检验CAD相关遗传变异对血管内皮细胞功能的影响。利用CRISPR敲除、抑制和激活技术，我们靶向了83个CAD基因座上的1998个变异，通过流式细胞术评估它们对三种黏附蛋白(E-选择素、ICAM1、VCAM1)和三项关键内皮功能(一氧化氮和活性氧产生、钙信号传导)的影响。在错误发现率≤10%的条件下，我们识别出位于26个CAD基因座内的42个显著变异。尽管其中少数基因座包含先前已在内皮细胞中表征过的基因(如MIA3/AIDA、FURIN、ARHGEF26、ADAMTS7)，但大多数是首次被发现与内皮功能障碍相关。

对RNA解旋酶DHX38的详细细胞和分子特征描述，以及在FURIN/FES、CCDC92/ZNF664和CNNM2位点进行的CRISPR介导的过表达实验，揭示了其对血管内皮细胞衰老的显著影响。我们的发现表明，许多与CAD相关的位点参与调节动脉粥样硬化相关的内皮功能，并为如何通过调节这些功能来帮助预防或治疗CAD提供了新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。