破裂与未破裂人颅内动脉瘤基因表达比较

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE13353

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景与目的 动脉瘤性蛛网膜下腔出血几乎均由囊状颅内动脉瘤（sIA）引起，是一种严重影响劳动年龄人口的破坏性卒中类型。导致sIA壁破裂的细胞和分子机制在很大程度上仍不清楚。掌握这些知识将有助于为sIA疾病设计新型诊断工具和治疗方法。方法 我们将11例破裂sIA壁样本（破裂后中位时间15小时切除）的全基因组表达谱与8例未破裂样本进行比较。通过生物信息学分析识别在破裂sIA壁中富集的信号通路。通过寻找差异表达基因启动子区域中保守转录因子结合位点的富集，在计算机上预测其转录调控。结果 总体而言，在破裂sIA壁中有686个基因显著上调，740个基因显著下调。显著上调的生物学过程包括：对湍流血流的反应；趋化作用；白细胞迁移；氧化应激；血管重塑；以及细胞外基质降解。

在 upregulated 基因中，Toll 样受体（TLR）信号传导以及 NF-κB、HIF1A 和 ETS 转录因子结合位点显著富集。结论：我们识别出与人类 sIA 壁破裂相关的通路和候选基因。这些结果为分子基础分析提供了依据：(a) 识别易破裂的 sIA；(b) 预防其破裂。预防 sIA 壁破裂的新措施可能包括抑制对湍流血流的反应、白细胞迁移、TLR 信号传导，或阻断 NF-κB、HIF1A 和 ETS 转录因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。