TCF21与AP-1通过表观遗传修饰交互调控冠心病基因表达[ATAC-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE122756

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

与冠状动脉疾病（CAD）相关的大部分遗传变异位于非编码区，预期涉及基因表达的转录和表观遗传机制。我们鉴定了一个位于CAD相关转录因子（TF）TCF21下游的转录网络，并提供了TCF21与激活蛋白-1（AP-1）复合体在疾病位点共定位和共同调控的证据。我们证明TCF21和AP-1部分通过与被组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶的相互作用，调控两个因果性CAD基因SMAD3和CDKN2B-AS1的表达。在全基因组范围内，TCF21和AP-1共同定位、调控染色质可及性，并在CAD位点中富集。这些数据表明，AP-1已知的染色质重塑和先锋功能是转录表观遗传控制的普遍方面，因而也是CAD相关位点中风险的重要方面，并且AP-1与TCF21相互作用以控制表观遗传特征，在二者共定位的位点中促成了遗传风险。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。