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创建/更新时间

2026-10-26

资源简介

GSE119391：ACAA2与OGDH结合H2A.Z占据的转录起始位点

GSE119391 是一个来自 NCBI GEO 的基因组结合/占据谱数据集，标题为“ACAA2 and OGDH bind to H2A.Z-occupied transcription start sites”。该数据集采用 anti-ACAA2 和 anti-OGDH 抗体进行染色质免疫沉淀（ChIP）结合高通量测序，对正常小鼠心脏组织以及横向主动脉缩窄术后 7 天的小鼠心脏组织进行分析，每种条件合并 3 颗心脏作为一个样本。数据集归属于循环系统疾病/其他分类，包含 1 个文件，即 GSE119391_series_matrix.txt.gz，由 Maha Abdellatif 提交，发布时间为 2017 年 9 月 3 日。该数据集可用于研究 ACAA2 与 OGDH 在心脏组织中的基因组结合特征及其与 H2A.Z 占据的转录起始位点的关系。

【数据集背景】

该数据集关注的是心脏组织中蛋白质与基因组的结合情况。源站标题表明，ACAA2 和 OGDH 结合于 H2A.Z 占据的转录起始位点。数据集以小鼠心脏为研究对象，比较正常状态与横向主动脉缩窄术后 7 天状态下的结合谱。横向主动脉缩窄是一种常用的心脏压力负荷模型，该数据集因此与循环系统疾病研究相关。数据集的分类归入循环系统疾病/其他，主题标签包括基因组结合/占据谱分析（高通量测序）、GPL19057 和 10090。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE119391_series_matrix.txt.gz，格式为 GZIP 压缩包。该文件为系列矩阵文件，通常用于汇总样本层面的检测信号或注释信息。数据集的主题标签表明其属于“Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing”，即通过高通量测序进行基因组结合/占据谱分析。平台标识为 GPL19057，物种标识为 10090（小鼠）。源站描述指出，实验针对 anti-ACAA2 和 anti-OGDH 两种抗体进行 ChIP 高通量测序，样本包括正常小鼠心脏组织和横向主动脉缩窄术后 7 天的小鼠心脏组织，每种条件合并 3 颗心脏。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库。实验材料为小鼠心脏组织，分为正常组和横向主动脉缩窄术后 7 天组，每组由 3 颗心脏合并而成。实验方法为 anti-ACAA2 和 anti-OGDH 的 ChIP 高通量测序。作者为 Maha Abdellatif，发布时间为 2017 年 9 月 3 日。数据集的源站标题为“ACAA2 and OGDH bind to H2A.Z-occupied transcription start sites”。

【适用场景】

该数据集适用于研究 ACAA2 和 OGDH 在小鼠心脏组织中的基因组结合与占据特征，特别是其与 H2A.Z 占据的转录起始位点的关系。由于包含正常与横向主动脉缩窄术后 7 天两种条件，可用于比较压力负荷状态下结合谱的变化。其分类归属循环系统疾病/其他，适合循环系统疾病相关的基础研究使用。主题标签表明其属于高通量测序的基因组结合/占据谱分析，可用于相关生物信息学分析流程的输入数据。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE119391_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入。源站未提供其他具体分析步骤或参数设置。

【质量与限制】

源站未提供质量评估信息。数据集仅包含 1 个文件，样本为每种条件合并 3 颗心脏的组织样本，源站未提供生物学重复的详细信息。源站未提供其他限制说明。

【引用与许可】

作者为 Maha Abdellatif，发布时间为 2017 年 9 月 3 日，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供具体的引用文献或许可条款信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE119391

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE119391

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对正常小鼠心脏组织及横向主动脉缩窄术后7天的小鼠心脏组织（每种条件合并3颗心脏）进行了抗ACAA2和抗OGDH的染色质免疫沉淀-高通量测序（ChIP-Seq）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别