人肝活检基因表达谱与移植后移植物功能相关并由供体类型决定
该数据集来自 omicsdi.org，收录人肝活检样本的基因表达谱，覆盖活体供体、心脏死亡后供体、脑死亡后供体伴早期移植物功能障碍及脑死亡后供体不伴早期移植物功能障碍等类型，每位供体取冷灌注前基线样本和门静脉再灌注后2小时样本
基本信息
资源简介
人肝活检基因表达谱与移植后移植物功能相关并由供体类型决定
该数据集收录人肝活检样本的基因表达谱，英文名称为“Gene expression profiles of human liver biopsies correlate with post-transplant allograft function and are determined by donor type.”，在站内归入循环系统疾病 / 其他类别，来源站为 omicsdi.org，主题标签为 Transcriptomics。数据集围绕肝移植过程中缺血-再灌注损伤与早期移植物功能障碍（EAD）的关系展开，覆盖活体供体（LD）、心脏死亡后供体（DCD）、脑死亡后供体伴受者移植后早期移植物功能障碍（DBD-EAD）以及脑死亡后供体不伴早期移植物功能障碍（DBD）等供体类型。每位供体采集两份样本：冷灌注前即刻的基线样本（样本A）和门静脉再灌注后2小时的样本（样本B）。研究通过比较不同供体来源肝脏的转录水平变化，识别可预测移植后功能的基因表达特征。
【数据集背景】
肝移植过程中的缺血-再灌注损伤是导致早期移植物功能障碍和移植物失功的重要原因，而这两种情况均与受者较高的发病和死亡风险相关。该研究的目的在于考察从不同类型人肝供体获取的肝脏中主要的转录改变，从而识别能够预测移植后功能的基因表达谱。研究关注的核心问题是：供体类型如何影响肝脏的基因表达模式，以及这些模式是否与移植后早期移植物功能障碍的发生相关联。
【数据内容】
数据集的内容为人肝活检样本的基因表达谱，属于转录组学数据。样本覆盖四类供体来源：活体供体、心脏死亡后供体、脑死亡后供体且受者随后发生早期移植物功能障碍、以及脑死亡后供体且受者未发生早期移植物功能障碍。每位供体提供两份样本，即冷灌注前采集的基线样本A和门静脉再灌注后2小时采集的样本B。研究据此识别出按供体来源划分的明显基因表达模式差异。除上述样本类型与时间点信息外，源站未提供具体的基因数量、表达矩阵规模或差异表达基因列表等细节。
【采集与来源】
样本来源于人肝活检，采集时间点明确：样本A在冷灌注前即刻采集，作为基线；样本B在门静脉再灌注后2小时采集。供体类型包括活体供体、心脏死亡后供体、脑死亡后供体伴早期移植物功能障碍以及脑死亡后供体不伴早期移植物功能障碍。数据集来源站为 omicsdi.org。关于样本量、采集中心、伦理审批及具体活检部位等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肝移植相关的基础与转化研究，尤其是围绕缺血-再灌注损伤、早期移植物功能障碍和移植物失功的机制探索。由于数据覆盖不同供体类型及再灌注前后的配对时间点，可用于比较供体来源对肝脏转录谱的影响，也可用于探索预测移植后功能的候选基因表达特征。主题标签为 Transcriptomics，表明其适合转录组水平的分析。具体可支持的统计或建模任务，源站未提供。
【使用方法】
使用时应关注样本的两类关键分层信息：供体类型（活体供体、心脏死亡后供体、脑死亡后供体伴早期移植物功能障碍、脑死亡后供体不伴早期移植物功能障碍）和采样时间点（冷灌注前基线样本A、门静脉再灌注后2小时样本B）。分析中可利用同一供体的两份样本进行再灌注前后比较，也可在不同供体类型之间比较基因表达模式。关于数据格式、预处理流程、归一化方法和分析工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于人肝活检样本，样本采集时间点定义明确，并覆盖多种供体类型，便于开展供体来源相关的转录组比较。其局限性在于：源站未提供样本量、测序或芯片平台、数据质控指标、缺失值处理及批次效应等信息，因此无法据此评估数据的技术质量与统计效力。此外，研究结论的外推范围受供体类型和采样时间点设置的限制，源站未提供相关验证信息。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-23649
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肝移植过程中的缺血-再灌注损伤是导致早期移植物功能障碍（EAD）和移植物失功的原因，二者均与受者高发病率和死亡率相关。本研究旨在探讨从不同类型人类肝供者获取的肝脏中主要的转录改变，以识别可预测移植后功能的基因图谱。我们分析了来自活体供者（LD）、心脏死亡后供者（DCD）、脑死亡后供者且受者随后发生移植后EAD（DBD-EAD）以及脑死亡后供者未发生EAD（DBD）的样本。每个供者获取两份样本：样本A在冷灌注前即刻采集（基线），样本B在门静脉再灌注后2小时采集。我们根据供者来源识别出基因表达模式的明显差异。DBD-EAD和DCD的样本A和样本B均显示促凋亡和炎症转录本的过表达。然而，在DBD和LD中，这些基因在基线的表达较低，仅在再灌注后升高。
再灌注后，将样本B与A进行对比，DBD和LD在整体基因表达上表现出最大幅度的增加，表明这两组的基线移植物损伤较轻。LD来源的移植物以抗缺血和再生过程相关转录本的激活以及较少的促炎基因转录本为特征。肝同种异体移植物中发生的这些转录事件可用于预测移植后功能。移植物中的促炎和缺血性转录变化与供体类型直接相关，可能成为未来治疗策略开发的有用靶点。完整数据库包含取自33例肝移植物的样本的表达数据。样本A在冷灌注前即刻采集（基线），样本B在门静脉再灌注后2小时采集。供体来自以下四组之一：活体（
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
