分化中的小鼠胚胎干细胞表达数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-54242

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

已有报道称多种物质可增强胚胎干细胞（ESCs）和诱导多能干细胞（iPSCs）的心肌分化。抗坏血酸在mESC CGR8细胞系中具有心脏发生效应。与未处理细胞相比，经抗坏血酸处理的CGR8 ESCs的转录组未显示基因表达的显著变化。我们进行了全局基因表达分析，以更好地理解抗坏血酸诱导心肌分化的机制。选取CGR细胞系的分化小鼠胚胎干细胞，在分化第0天（未分化细胞）、第2天、第3天和第5天进行RNA提取并在Affymetrix微阵列芯片上杂交。样品收集了3个生物学重复，分别经抗坏血酸处理或未经处理（对照组）。仅对那些我们能够通过评估对照组和抗坏血酸处理组中搏动性EB的数量来确认抗坏血酸在分化后期（第8天和第12天）显著增强心肌分化效率的样品进行进一步分析。心脏分化效率在本研究后期进行评估。

但通过微阵列分析进行检测的样本仅限于第5天。对于分化后期（第8天或第12天），我们未进行全基因组研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。