哺乳动物miRNA基因的演化

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-40499

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

微小RNA（miRNA）是基因表达的主要转录后调控因子，然而由于缺乏适当的比较数据，它们在哺乳动物中的起源和功能演化仍鲜为人知。利用RNA测序技术，我们针对代表所有主要哺乳动物谱系及鸟类（演化外群）的六个物种的五个器官，生成了广泛且可比较的miRNA数据，旨在揭示哺乳动物miRNA的演化历程。我们的分析显示，哺乳动物中miRNA repertoire总体呈扩张趋势，胎盘哺乳动物和有袋类中miRNA家族的诞生速率加快了三倍，这得益于miRNA在宿主基因内含子中的从头产生。总体而言，我们的分析表明哺乳动物中miRNA家族更替率较高，许多新产生的miRNA家族在形成后不久便丢失。被选择性保留的哺乳动物miRNA家族逐渐演化出更高的表达水平以及改变的成熟序列和靶基因 repertoire，并且显然主要被招募来发挥神经组织中的调控功能。

然而，起源于X染色体的miRNAs在精子发生过程中（包括减数分裂）通过选择性驱动的复制-分化过程进化出高表达水平和潜在多样的功能。总体而言，我们的研究因此为哺乳动物miRNA基因的诞生与进化及相关选择压力提供了详细见解。来自六个物种（人、猕猴、小鼠、负鼠、鸭嘴兽和鸡）五种成体组织（脑、小脑、心脏、肾脏和睾丸）的30个主样本+5个生物学重复+来自成年小鼠睾丸生精细胞的3个样本（支持细胞、精母细胞和精子细胞）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。