室间隔缺损相关肺动脉高压的蛋白质生物标志物与风险评分：多组学整合与验证数据

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Protein Biomarkers and Risk Scores in Pulmonary Arterial Hypertension Associated with Ventricular Septal Defect: Integration of Multi-Omics and Validation
• DOI：10.6084/m9.figshare.12858176.v1
• 发布日期：2020-08-25
• 文件数：2 个
• 文件总体积：1.42 MB
• 源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/Protein_Biomarkers_and_Risk_Scores_in_Pulmonary_Arterial_Hypertension_Associated_with_Ventricular_Septal_Defect_Integration_of_Multi-Omics_and_Validation/12858176

命令行下载

curl -L -o "Differential Proteins.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/24436811"
curl -L -o "Differential metabolites.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/24436814"

文件清单

• Differential Proteins.xlsx（357.97 KB）
• Differential metabolites.xlsx（1.06 MB）

文件总体积 1.42 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

先天性室间隔缺损(VSD)相关肺动脉高压(PAH)的分子机制尚不清楚。本研究旨在通过VSD-PAH的多组学分析揭示分子通路和潜在生物标志物。研究对160名儿童(包括120例伴或不伴PAH的VSD患者和40名健康儿童)的血浆进行了蛋白质组学、代谢组学和生物信息学联合分析。蛋白质组学(iTRAQ)在伴或不伴PAH的患者之间鉴定出107个差异蛋白(DPs)，其中VSD-PAH患者中ADIPO、DBH、ANPEP、TRF1、GP1BA显著升高，GNAS降低。代谢组学在伴或不伴PAH的患者之间发现191个差异代谢物，其中5-HT、牛磺酸、肌酸、肌氨酸和2-氧代丁酸升高，香草扁桃酸、3,4-二羟基扁桃酸、15-酮-前列腺素F2𝛼、果糖-6-磷酸、L-谷氨酰胺、脱氢抗坏血酸、羟基丙酮酸、苏氨酸、L-胱氨酸和1-氨基环丙烷-1-羧酸降低。差异蛋白在新一批患者队列(N=80)中进行了验证。

综合分析确定了关键通路，包括cAMP、ECM-受体相互作用、AMPK、HIF-1、PI3K-Akt信号通路及氨基酸代谢。发现血浆中DBH、ADIPO和ANPEP蛋白水平升高与PAH的发生独立相关，并基于这三种蛋白开发了一个新的总风险评分用于临床诊断。在VSD-PAH患者的这项整合多组学分析中，我们首次发现VSD-PAH患者呈现重要的差异蛋白质、代谢物及关键通路。我们开发了一个总风险评分（基于DBH、ANPEP和ADIPO的血浆浓度）作为CHD-VSD患者发生PAH的预测指标。因此，这些蛋白质可作为生物标志物，而新的总风险评分在PAH的诊断中具有重要的临床意义。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.12858176.v1（source: https://figshare.com/articles/dataset/Protein_Biomarkers_and_Risk_Scores_in_Pulmonary_Arterial_Hypertension_Associated_with_Ventricular_Septal_Defect_Integration_of_Multi-Omics_and_Validation/12858176）。